New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1411899 = | 92 (1.200) | 5 (0.070) | 5/492 | 6.6 | 7.0% | coding (50/936 nt) | ttcA | tRNA s(2)C32 thioltransferase, iron sulfur cluster protein |
? | NC_000913 | = 1434958 | 50 (0.720) | pseudogene (51/51 nt) | ttcC | pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAA > NC_000913/1434671‑1435242 | tatGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAACATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCGGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATCCTTATGCGTCAGAGCGTTGTGTTTTTTGCCCTTACt > 2:438423/1‑289 (MQ=255) tatGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGGGATTTTTGCCCTTACt > 1:265409/1‑289 (MQ=255) cTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGTCAACAAAGGGGCAAATAAAGAGTGGCTTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCGGATGATA‑TTTAAAACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTAATTTTTGCTGTTACTTGTTc > 2:310212/1‑289 (MQ=255) cTTTGATAGGGCGGAATGATAGGGTTGGGAGTGATGTATCTGAAGAGTTGAAAAGCCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAAGTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTc < 2:412500/289‑1 (MQ=255) 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ttggttTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCg < 1:235128/288‑1 (MQ=255) attgaGACGTTTTGTAATTTTTTTCGGTGGAAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAATAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGcc < 2:70308/289‑1 (MQ=255) tggaaCGTTTTGGAATGTTTTTAGGAGGCAAAAATGGGTGAAAACGCGGAAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGccc < 2:495101/285‑1 (MQ=255) 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agagagTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGaa > 1:167970/1‑212 (MQ=255) agagagTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGAAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGGGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGAGTCACgg > 2:341660/1‑287 (MQ=255) tgtgATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAACAACTGTGGCGTGTATGGTCCGGATTAGAGGGGAAAATGTCATCACATTTGCGAAATGAATTAAAAAGCCGGCAGCAATGTGCTGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTTTGcttcaactcctacag > 2:578896/1‑274 (MQ=255) tgtgATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGc > 1:172845/1‑289 (MQ=255) aTTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATTTCAGCACCTTTGCGAAATGAATCAAAAATCCCGCAGCACTGTTCGGGCGTTAGCGTCAGCGCCCAACCAGCCCGGAGCCCCCTGCGTGCCGCCCGACAGcccgc > 2:256844/1‑285 (MQ=255) tGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATACAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGAGTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAACAAGCCCGCAGCAATGTGCGTGCTTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGTGGCACTCTCCGTTACCCACCACAGGTTCGGCGtt > 2:517332/1‑289 (MQ=255) tGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCGCGGAGCACTCTGCGTGCAGAACTACAGATGCGGAGtt > 1:290663/1‑289 (MQ=255) cTTACTTGTTCAGGTTTTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCAACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGaa < 1:498888/289‑1 (MQ=255) | TATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATA‑TTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAA > NC_000913/1434671‑1435242 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |