Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,183,350 | Δ1 bp | 5.8% | intergenic (+27/+463) | zupT → / ← ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,183,350 | 0 | A | . | 5.8% | 341.8 / 13.0 | 103 | intergenic (+27/+463) | zupT/ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/47); new base . (3/3); total (53/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACCGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGAGCAATCAATACAATCCAGTACCAGGCGATAAACATCCTTTTACCCTTAATATTTAACAATACTAAACATTTAGCGTATAAATTTCACATATCCTTTTTCGGATATATTCATATGGTCGCATAATAACGG > NC_000913/3183054‑3183645 | aCCGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATg < 1:665536/299‑1 (MQ=255) gATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACa > 1:9242/1‑298 (MQ=255) ttCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACtt < 1:1186613/300‑1 (MQ=255) ggCTGGGATTTCTGGACTATCAGAAATTCTTTGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGTTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATg < 2:85405/285‑1 (MQ=255) gggggATTTCTGGACGTGCAGAAATTTTTTGGTGTGTGCTGGCGTTGTTTATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGGCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGGAGTTGTCCA‑GCGCATGGAc < 2:346814/285‑1 (MQ=255) gggATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCtt > 1:1255161/1‑299 (MQ=255) agttCTGGACTAGCAGAAATTCTGGGGTGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTGCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACt < 2:444151/283‑1 (MQ=255) aTTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGACAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GGCAAGGGACAACtt > 2:14739/1‑286 (MQ=255) ggACGAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATTATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGcc < 1:676925/300‑1 (MQ=255) tccgagctgaTTCTTTGTGGTTTGCTGGCGTGGTTAATCCTCAGTAGCATGATTTCCCCGTTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATTGTGGTGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATTTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCt < 2:181510/277‑1 (MQ=255) 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aaTTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCT‑ATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGACAGCTTCACGAAAg > 2:530160/1‑286 (MQ=255) tggtggTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCg > 1:1187669/1‑299 (MQ=255) gtgtGCTTGAGGTGTGAATCCTCGGTAGGATGATGTCCCCGGTGGTCAGGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGGGGCGATCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCt < 2:7959/285‑1 (MQ=255) 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ttGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGAGCAATCAATACAATCCAGTACCAGGCGATAAACATCCTTTTACCCTTAATATTTAACAATACTAAACATTTAGCGTATAAATTTCACATATCCTTTTTCGGATATAtt < 2:563355/286‑1 (MQ=255) gTCCA‑GCGCAGGGAGAACTGCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCGCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGAGCAATCAATACAATCCAGTACCAGGCGATAAACATCCTTTTACCCTTAATATTTAACAATACTAAACATTTAGCGTATAAATTTCACATATCCTTTTTCGGATATATTCa < 2:414240/286‑1 (MQ=255) gcATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGAGCAATCAATACAATCCAGTACCAGGCGATAAACATCCTTTTACCCTTAATATTTAACAATACTAAACATTTAGCGTATAAATTTCACATATCCTTTTTCGGATATATTCATATGGTCGCATAATAACgg < 1:1182882/298‑1 (MQ=255) | ACCGCGATTCTGTGGGCGGGGATTTCTGGACTAGCAGAAATTCTTGGTGGTGTGCTGGCGTGGTTAATCCTCGGTAGCATGATTTCCCCGGTGGTCATGGCGGCAATCATGGCGGCGGTTGCAGGAATTATGGTGGCGCTCTCGGTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGCAGGAAATAACCCACCACAACCAGAGCAATCAATACAATCCAGTACCAGGCGATAAACATCCTTTTACCCTTAATATTTAACAATACTAAACATTTAGCGTATAAATTTCACATATCCTTTTTCGGATATATTCATATGGTCGCATAATAACGG > NC_000913/3183054‑3183645 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |