Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,075,154 | Δ2 bp | coding (486‑487/786 nt) | yihW → | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,075,154 | 0 | G | . | 93.3% | 236.3 / 8.1 | 60 | coding (486/786 nt) | yihW | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base . (31/25); total (35/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 4,075,155 | 0 | T | . | 94.9% | 227.0 / 6.4 | 60 | coding (487/786 nt) | yihW | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base . (31/25); minor base A (3/0); total (35/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGCGTCCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAAT > NC_000913/4074881‑4075423 || gTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCCTGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACCAACCTCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGGTGCGCTTCCATACTCGCGGGATCCTTCGCCCTTCCGCG‑‑GACCTTCGTGGCTGAttt > 2:481454/1‑289 (MQ=255) gTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCGCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCA‑‑AGCGCCATGTGTGGCTGAttt > 1:456051/1‑289 (MQ=255) tGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGCTTa > 1:90528/1‑289 (MQ=255) cGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCCTTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGGGGCTGCTTTTCGTGCTTATTACCTgttct > 2:375956/1‑285 (MQ=255) cGCAAACCGAGG‑AAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAAc < 1:15691/289‑1 (MQ=255) aCCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGGGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCGGGTAACAAGc > 1:436136/1‑289 (MQ=255) cGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCTGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGt < 1:375956/289‑1 (MQ=255) tatTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCTTGCTGATTATCTGGTAACCAGCGTTGGGGCGATTGAGATCGATGGCGCGGTGATGGTGGTTGa > 2:446682/1‑289 (MQ=255) tGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTTCGACAGTTGAGCATGTTGCCCTGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAGTCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCAGTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTaaa < 1:460145/289‑1 (MQ=255) tGATGGTCCAACAATATTTTGAACCATTGGTACGACTGTTGGGCATGTTGCCCGTGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCGTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTaaa < 1:506579/289‑1 (MQ=255) 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ggTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGGGGCTCATATTCTTTACCACAAACCGCGCTTTGAAGTGAAGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCCTCGGC‑‑ACTTTGTGGCGGTTTTTCGTGCTGAATATCTTGTCACAAGCGTGGGTGCGGTTGCAGGCCGTGGCGCGTTTGTGGCGTTTGATGTGAACgtg > 2:484013/1‑287 (MQ=255) aacaaTATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTa > 1:781588/1‑288 (MQ=255) acaaTATTTATCACCATTGGTACACTTTTTGAGCATGTTGCCCTGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGAGAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCAGTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAAc < 2:397402/289‑1 (MQ=255) tatTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGTTAACACGCGTTGGGGCGATTGAGGGCGTTGGGGCTGTGATGGAGTTTGATGGATACGAAGCTagagtga > 2:491915/1‑283 (MQ=255) tttATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCG‑‑GACCGTTGGGGCGGATTGTCGGGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATGGAGAGCGATGGCGCGTCGAGGGAGTTTGATGGAAAAGAAGCTAAAgtggtg > 1:359434/1‑289 (MQ=255) cACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATTTGGTAACAAGCGTTGGGGCGGTTGAGTGGGATGGCGCGTTGAGGGAGTTTGATGGAAGCGACGGTCACGGGGGGGAAAc > 2:756192/1‑289 (MQ=255) 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tttACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCt > 1:202766/1‑96 (MQ=255) tttACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCt < 2:202766/96‑1 (MQ=255) ttACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAATCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGCCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTc > 1:667578/1‑287 (MQ=255) aaCCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAAGATTCTGCTGGTCGCCGGTCACACTAAGTATAATGCTGCGGAGGCGGTTGAAATTGGTAACTGGGGACCGGGCAATgcgc > 1:743635/1‑287 (MQ=255) cccGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTAt < 2:478520/104‑1 (MQ=255) cccGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTAt > 1:478520/1‑104 (MQ=255) cccGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAACAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGGGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGGGGTGAAAACGATGATGGCGAACGCGAGAAAACTACTGATGGTCGCCGATCATACAAAGTATCATGCTGCGCCGGGGGGTGAAATTGGTCACGTGTAACAAGTAACTgcgcctca > 2:712351/1‑285 (MQ=255) cgcTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTAcc > 1:395295/1‑289 (MQ=255) gCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGCCACTGCGCTCTTTACCGCCTAGCTgccgccag > 1:31488/1‑286 (MQ=255) cccGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACg < 1:658345/245‑1 (MQ=255) cccGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACg > 2:658345/1‑245 (MQ=255) cggTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCt > 1:365828/1‑289 (MQ=255) tACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTAACGACGAGCTGCCGACCGCTggcgtaaa > 1:563941/1‑282 (MQ=255) tcATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGCGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACa > 1:509036/1‑289 (MQ=255) gggATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACCCTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCaa > 1:334523/1‑289 (MQ=255) gggATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTTGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTgccgcc > 1:257781/1‑255 (MQ=255) gATCATTGGCCCTTCAGCGGC‑‑CCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAACTTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACTAGCTGCCGACAGCTGCGCTAACATCACGCCTACCAGACAGCCaact > 2:571988/1‑287 (MQ=255) || GTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGCGTCCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCCAAAT > NC_000913/4074881‑4075423 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |