Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 77,405 | G→T | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) |
sgrS → sgrT → |
sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 77,405 | 0 | G | T | 96.9% | 227.7 / NA | 66 | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) | sgrS sgrT | sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (27/36); total (27/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGT > NC_000913/77133‑77682 | tCCCACGTAAGCCTGCCGCGATCCTGCATGTGGGTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGTTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGa < 2:696760/289‑1 (MQ=255) ccgcccgccGCGCTCCTGCATGGTGTTGAGCAGCGTGCTCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGATGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAg < 1:143875/287‑1 (MQ=255) tgtTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTaa > 1:742012/1‑288 (MQ=255) tgtTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGAGAAGTTTTTCTGGTTGCGTTGGTTAAg > 2:542183/1‑289 (MQ=255) agtgggcggacattacgacgCGAGCATCGCAAGAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCGGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTTTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca < 2:446451/274‑1 (MQ=255) ggTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCcaca > 1:800347/1‑288 (MQ=255) gTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCcac < 1:290242/286‑1 (MQ=255) 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ataatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCAAGCAGATTATACCGGCTGGTTTTGTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGCCGATg > 1:674339/1‑287 (MQ=255) ccTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACctg > 2:226448/1‑221 (MQ=255) ccTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACctg < 1:226448/221‑1 (MQ=255) aaCGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca < 2:387805/96‑1 (MQ=255) aaCGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca > 1:387805/1‑96 (MQ=255) gagtcagaaaGGGGGTTCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACGATTTTCCCGCGAGAGCGAAGGTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCAAAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATTCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGaa < 2:637285/281‑1 (MQ=255) tGAAGCAAGGGGGTTCCCCATGCGTCAGGTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTTGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAAc < 1:438018/288‑1 (MQ=255) tGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGtt < 2:472396/81‑1 (MQ=255) tGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGtt > 1:472396/1‑81 (MQ=255) gggggTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTGGCCGTATGAACGGTGTTTag > 1:412934/1‑288 (MQ=255) ggTGCCCCATTCGTGAGTTTTATGATCACTATTTTGCCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTGAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTAcgc < 1:785854/288‑1 (MQ=255) ggTGCACCATGCGTCAGTTTTATCATCACTCTTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTAcgc < 1:780654/288‑1 (MQ=255) tGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGGTTACGCGGc > 1:199693/1‑289 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCcag < 2:741988/180‑1 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCcag > 1:741988/1‑180 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATATGGATAATGACGATGGCTCGCCTTATGAACGGTGTTTCAGCGGCATTTTTg > 1:761128/1‑289 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACAATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCCCCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTTACAAGGGACGGTAGGATCTGGATAATGCTGATGGCTGCCAGTATGCATGGTGTTTGCGGGGCTCTTATg > 2:439129/1‑289 (MQ=255) cAGGTTTATCATCACTATTTGAACGCAACGTTGACGTTGTGCGGGTGGCGTTGTTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTTACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGt < 2:742012/289‑1 (MQ=255) | TCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGT‑ATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGT > NC_000913/77133‑77682 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |