| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 77,405 | G→T | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) |
sgrS → sgrT → |
sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,405 | 0 | G | T | 99.0% | 342.3 / NA | 101 | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) | sgrS sgrT | sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (44/55); total (45/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTA > NC_000913/77123‑77690 | gACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTAt < 2:324198/289‑1 (MQ=255) ccgaacgaagccACGGTCCGGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATGTGACGACGCGAGCAGCTGAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCg < 2:770050/281‑1 (MQ=255) tCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCCAGGGGGTGCCCCATGCGTCATGTTTATTATCACTATTTTCACGCGCCCGGGAATTTGTTCTGGTTgg > 2:534990/1‑288 (MQ=255) tgtTGAGCGTGGTGCGCATATGCAGACCCGTGCAGCTCAATAACTCTGCCAGTTCGTTGAGCGGTGTTTCGTTCAATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAg < 2:737174/289‑1 (MQ=255) tgtTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTaa > 1:564519/1‑288 (MQ=255) gtTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAGCGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGc < 1:745140/289‑1 (MQ=255) ttGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTAAATAATTCATAACGATGAAGCAAGGAGTTCCCCCATCCGTCAGTTTTACCTTCACTTTTTTACCGCGACTGCTAAGTTTGTCTGGTTGCTTTGGTTAAGCg > 2:326955/1‑289 (MQ=255) aGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTc > 2:162271/1‑288 (MQ=255) aGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTc > 1:573947/1‑288 (MQ=255) aGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCca < 1:1879/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |