| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,070,814 | G→T | R315S (CGT→AGT) | yihS ← | sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,814 | 0 | G | T | 98.8% | 295.4 / NA | 82 | R315S (CGT→AGT) | yihS | sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (43/37); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
TGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGC‑CAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGG‑CCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCGAAGT > NC_000913/4070562‑4071101 | tGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGC‑CAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTc > 1:540566/1‑289 (MQ=255) 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1:187685/1‑289 (MQ=255) cGTACACGTTCGCAGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTAGAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGG‑CCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCGAAgt < 1:80300/289‑1 (MQ=255) | TGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGC‑CAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGG‑CCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCGAAGT > NC_000913/4070562‑4071101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |