| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 77,405 | G→T | 100% | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) |
sgrS → sgrT → |
sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 77,405 | 0 | G | T | 100.0% | 223.2 / ‑6.7 | 65 | noncoding (39/227 nt) Q6H (CAG→CAT) | sgrS sgrT | sRNA antisense regulator destabilzes ptsG mRNA, Hfq‑dependent; regulated by sgrR inhibitor of glucose uptake |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (30/34); minor base A (0/1); total (30/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATG > NC_000913/77119‑77695 | gcCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTAcc < 1:568914/299‑1 (MQ=255) cGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGa > 1:187223/1‑299 (MQ=255) aCGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTGACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAACAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTtgt > 1:330688/1‑297 (MQ=255) gATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGtt < 1:450512/298‑1 (MQ=255) tCCTGCATGGGGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAg < 1:537621/299‑1 (MQ=255) ccTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGc < 1:123501/299‑1 (MQ=255) gtgtTGAGGAGGGTGAGTATATGACGTCGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCTTTGAGCGTTGTGTCCGGCGATTTACCCTCGCAGCATTGGCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTTCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTg < 2:454657/284‑1 (MQ=255) ttGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGtt < 2:359133/284‑1 (MQ=255) aGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGGTCAGTAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATGGCCACAGGCGGATGAACTGTAGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGAt < 1:544364/298‑1 (MQ=255) aGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCAGTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGc < 2:182596/285‑1 (MQ=255) ggTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACACCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTACCTATATTAAGTCAATACTTCCTAACTACAAAGCAAGGGGGTGCCCCCTGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCTAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGTCTAAGCTTccc > 2:83194/1‑285 (MQ=255) gacgCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTg > 1:370861/1‑299 (MQ=255) gcagcgttattgagCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGt > 1:559621/14‑299 (MQ=255) cagcTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGCAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTg > 1:421294/1‑299 (MQ=255) agcTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGt < 1:263552/297‑1 (MQ=255) gCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCa < 2:270831/284‑1 (MQ=255) tGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAAtt < 1:504284/299‑1 (MQ=255) aGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACt > 1:41106/1‑299 (MQ=255) cGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTGTATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACtt > 1:184399/1‑298 (MQ=255) gtCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGaaa < 2:164805/284‑1 (MQ=255) tCCTGCGATGTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTCGTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCTATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCTATAAGTCCTAACGATGGAGCAAGGGGGTGCCCCATTCGTCAGGTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGTACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGt < 2:368677/285‑1 (MQ=255) tCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGt > 1:458989/1‑299 (MQ=255) cagcaTTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTGCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGACGCAAGGTGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCAtg < 2:290323/285‑1 (MQ=255) aTTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTg < 1:101240/296‑1 (MQ=255) cacaGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGa < 2:35088/285‑1 (MQ=255) aGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGt > 2:408379/1‑284 (MQ=255) aTGAACTGTGGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGgt < 2:390588/284‑1 (MQ=255) ttgCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATtat > 1:71539/1‑298 (MQ=255) ttgCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATAAcc > 2:18724/1‑284 (MQ=255) cAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTTCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGAGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCCTTTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGcc > 2:95655/1‑285 (MQ=255) gAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTgg > 1:428103/1‑299 (MQ=255) cAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATAccagatcggaa > 1:241225/1‑290 (MQ=255) tGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGTTGCCCCAATCGTCAGTTTTATCAACACGATGTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGGTGGTTAAGCGTCCCAAAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCATTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCATATTATAc < 2:62117/285‑1 (MQ=255) tGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATAc < 2:212365/285‑1 (MQ=255) aTAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTAt > 1:581680/1‑298 (MQ=255) aTAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTAt < 1:19129/298‑1 (MQ=255) aaaaGGGGAACTCCTGTGCAATAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCATGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTAAACCTGCTGGTTTTTTTTATtc > 1:225177/1‑298 (MQ=255) aaGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATtctc > 1:535006/1‑298 (MQ=255) aaCTCCTGTGCAAAAGACATCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCTACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCgcgc < 1:229323/299‑1 (MQ=255) tCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGGCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTa < 2:278171/284‑1 (MQ=255) cTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCCCCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATtc > 2:444159/1‑285 (MQ=255) cTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATtc < 2:474860/285‑1 (MQ=255) gCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAggg > 1:126830/1‑299 (MQ=255) aaTTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAg < 2:254217/285‑1 (MQ=255) ttttattttCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCCCCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTgg > 1:393480/1‑299 (MQ=255) ttttattttCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTgg > 1:269869/1‑299 (MQ=255) ccTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGCCTGAGTATTGGTGTAAAATCACACGCCAGAAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAACAGGGAACGTATGAt > 2:19374/1‑285 (MQ=255) ccTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGa < 1:467760/299‑1 (MQ=255) tataGTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCt < 2:502464/285‑1 (MQ=255) aGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAGAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAAt < 2:325324/285‑1 (MQ=255) aGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAAt < 2:466715/285‑1 (MQ=255) tCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGt > 1:53931/1‑299 (MQ=255) aataatTCCTAACGAGGAAGCAGGGGTGTGCGCCAGTCGTCATTGTGATCATCCCTATTGTACCGCGACAGCGAAGTTTTGCTGGTTGCGTTGGTTAGGCGTCCCACGACGATTAACCATGCTTTAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCGGAAAGTTTACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCTCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACg < 2:445159/285‑1 (MQ=255) aatTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTACCCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAACAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACTATg > 2:284806/1‑285 (MQ=255) gctcttccgatctaaGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGaa < 1:427669/285‑1 (MQ=255) ttCCTAACGATGAAGCAAGGGTGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTAGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACg < 1:109240/299‑1 (MQ=255) ccTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAACAAGGGAACGTATGATCTGGATCATGACGATGGCTc > 2:139738/1‑285 (MQ=255) aaCGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGcc < 2:395820/285‑1 (MQ=255) aTGAAGCAAGGGGGTGCCCCATTCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTAt < 2:486989/285‑1 (MQ=255) aGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTTTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAAc > 2:374332/1‑285 (MQ=255) tGCGTCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCtt < 1:323673/299‑1 (MQ=255) tCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTTTGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATg > 2:295198/1‑285 (MQ=255) tCAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTat > 1:139899/1‑299 (MQ=255) cAGTTTTATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTatg < 1:22372/299‑1 (MQ=255) ttttATCATCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGTACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTatgatg > 1:492092/1‑299 (MQ=255) | GCCCGACTTCCGCTTCCCACGTCAGCCAGCCGCGATCCTGCATGGTGTTGAGCAGGGTGCGCATATGACGACGCGAGCAGCTCAATAACGCTGCCAGTTCGTTGAGCGTTGTGTCCTGCGATTTACCCTCGCAGCATTGCCACAGGCGGATGAACTGTTGTTGCAGACGAGCAGATGGCATAAAAGGGGAACTCCTGTGCAAAAGACAGCAATTTTATTTTCCCTATATTAAGTCAATAATTCCTAACGATGAAGCAAGGGGGTGCCCCATGCGTCAGTTTTATCAGCACTATTTTACCGCGACAGCGAAGTTGTGCTGGTTGCGTTGGTTAAGCGTCCCACAACGATTAACCATGCTTGAAGGACTGATGCAGTGGGATGACCGCAATTCTGAAAGTTGACTTGCCTGCATCATGTGTGACTGAGTATTGGTGTAAAATCACCCGCCAGCAGATTATACCTGCTGGTTTTTTTTATTCTCGCCGCGCTAAAAAGGGAACGTATGATCTGGATAATGACGATGGCTCGCCGTATGAACGGTGTTTACGCGGCATTTATGCTGGTCGCTTTTATGATG > NC_000913/77119‑77695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |