| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,622,834 | A→T | 5.7% | noncoding (81/98 nt) | mgrR ← | sRNA antisense regulator down regulates YgdQ and EptB, PhoPQ‑regulated, Hfq‑dependent; affects sensitivity to antimicrobial peptides |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,622,834 | 0 | A | T | 5.7% | 281.3 / 6.4 | 87 | noncoding (81/98 nt) | mgrR | sRNA antisense regulator down regulates YgdQ and EptB, PhoPQ‑regulated, Hfq‑dependent; affects sensitivity to antimicrobial peptides |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/44); new base T (2/3); total (40/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
GATTTAATTCAGCCTTCGTTTAGGTTACCTCTGCTAATATCTTTCTCATTGAGATGAAAATTAAGGTAAGCGAGGAAACACACCACACCATAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGGGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGCCCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTAAACCGGCGGTGAATGCTTGCATGGATAGATTTGTGTTTTGCTTTTACGCTAACAGGCATTTTCCTGCACTGATAACGAATCGTTGACACAGTAGCATCAGTTTTCTCAATGAATGTTAAACGGAGCTTAAACTCGGTTAATCACATTTTGTTCGTCAATAAACATGCAGCGATTTCTTCCGGTTTGCTTACCCTCATACATTGCCCGGTCCGCTCTTCCAATGACCACATCCAGAGGCTCTTCAGGAAATGCGCGACTCACACCTGCTGTCACGGTAATGTTGATATG > NC_000913/1622540‑1623121 | gATTTAATTCAGCCTTCGTTTAGGTTACCTCTGCTAATATCTTTCTCATTGAGATGAAAATTAAGGTAAGCGAGGAAACACACCACACCATAAACGGAGGCAAATAATGCTGGGTAATATGAATGTTTTTATGGCCGTACTGGGAATAATTTTATTTTCTGGTTTTCTGGCCGCGTATTTCAGCCACAAATGTGATGACTAATGAACGGAGATAATCCCTCACCTAACCGGCCCCTTGTTACAGTTGTGTACAAGGGGCCTGATTTTTATGACGGCGAAAAAAAACCGCCAGTaacacg > 1:470458/1‑295 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |