| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,546,088 | C→G | 31.0% | V155V (GTC→GTG) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,546,088 | 0 | C | G | 31.0% | 118.4 / 67.0 | 74 | V155V (GTC→GTG) | nfuA | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/24); new base G (10/13); total (37/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
ATTTGACCTGCTGACCGCGTATGTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGAAGGGATCGAGAAGCAGCTGCTGAACGAATTCCCGGAGCTGAAAGGTGTGCGCGATCTCACCGAACACCAGCGCGGCGAACACTCCTACTACTAAGTTATCCCCTCTTTTGTAGATTGCCCGATGCGACGCTAAAGCGTCATTTCGGGCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAAT‑CCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCC > NC_000913/3545794‑3546380 | aTTTGACCTGCTGACCGCGTATGTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGAtg > 1:599996/1‑299 (MQ=255) tGACCTGCTGACCGCGTATGTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGACTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCTCAGTTAACGCTGAAAGCGCCTAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTGGATGTGa < 1:82915/299‑1 (MQ=255) tgctgACCGCGTATGTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTg > 1:16452/1‑299 (MQ=255) gctcttccgatctatgaGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAaag < 1:302077/285‑1 (MQ=255) gaTGTTGATGAGTTCCGCGCCCCATTCCTGCAAGCTTCAGAGATCGCTTTTTTTCCCCACCGCTTGGGTTCCACGTTCACGCTGAAATCCCCTAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTCTATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGAAGGGAt < 1:107973/298‑1 (MQ=255) tGTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGAAGGGATca > 1:347013/1‑298 (MQ=255) gTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACCGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTAGATGTGACGCTGAAAGAAGGGATCga > 1:494901/1‑299 (MQ=255) gTTGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGACTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCTCAGTTAACGCTGAAAGCGCCTAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTCGGCGGCGGCTGTAAAGGTTGTTCCATGGTGGATGTGACGcgg > 2:47422/1‑283 (MQ=255) ttGATGAGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGATGTGACGCTGAAAGAAGGGATCgag > 1:328633/1‑299 (MQ=255) tgaGTTAAGCGCACCATACCTGGAAGATGCAGAGATCGATTTTGTTACCGACCAGTTGGGTTCCCAGTTAACGCTGAAAGCCCCGAACGCCAAAATGCGTAAAGTGGCAGACGATGCACCGCTGATGGAGCGCGTGGAGTATATGCTGCAGTCGCAGATCAACCCACAGCTTGCTGGTCACGGTGGTCGCGTTTCGCTGATGGAAATCACCGAAGACGGTTACGCCATTCTGCAATTTGGCGGCGGCTGTAACGGTTGTTCCATGGTCGTTGTGACGCTGAaaga > 2:266775/1‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |