| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,941,892 | T→A | 8.0% | noncoding (85/1542 nt) | rrsC → | 16S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,941,892 | 0 | T | A | 8.0% | 131.8 / 4.5 | 50 | noncoding (85/1542 nt) | rrsC | 16S ribosomal RNA of rrnC operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/27); new base A (2/2); total (21/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
GACTCTGTAGCGGGAAAGCGTATTATGCACACCCCGCGCCGCTGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCTTGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAA > NC_000913/3941601‑3942190 | gACTCTGTAGCGGGAAAGCGTATTATGCACACCCCGCGCCGCTGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCAAGCTGtt > 1:442155/1‑298 (MQ=18) ctctGTAGCGGGAAAGCGTATTATGCACACCCCGCGCCGCTGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCAAGCTGTTTc < 1:264156/298‑1 (MQ=21) gTAGCGGTAAAGCGTATTATGCACACCCCGCGCCGCTGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCAATCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCTTGCTGTTTCGCTGa < 1:94210/299‑1 (MQ=21) aGCGGGAAACAGTATGATGCACCCCCCGCGCCGCGGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCTTg < 2:1942/285‑1 (MQ=16) 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cGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCTTGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTg < 2:34989/285‑1 (MQ=35) acacAGGCAAGACGAACGGAAACAGGAAACAGCTTGCTGGTTCGATGACGAGTGGAGGACGGGTGAGTAATGGCTGGGAAACTGCCGGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAAGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTc < 2:96838/284‑1 (MQ=255) gcgAAACAGCAAGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGAGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCACACCTAGGCGACGAGACCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACAATGGAAACGAGACACGGTCAAGACTCCAACGGGAGGaagcag > 2:379173/3‑284 (MQ=11) aGCTTGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGgc > 1:395447/1‑299 (MQ=34) tGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCaa < 1:120564/299‑1 (MQ=34) | GACTCTGTAGCGGGAAAGCGTATTATGCACACCCCGCGCCGCTGAGAAAAAGCAAAGCGGCACTGCTCTTTAACAATTTATCAGACAATCTGTGTGGGCACTCGAAGATACGGATTCTTAACGTCGCAAGACGAAAAATGAATACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAACAGCTTGCTGTTTCGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAA > NC_000913/3941601‑3942190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |