| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,070,817 | C→A | 100% | V314L (GTA→TTA) | yihS ← | sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,817 | 0 | C | A | 97.2% | 111.3 / ‑3.9 | 36 | V314L (GTA→TTA) | yihS | sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (15/20); minor base G (1/0); total (16/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCG > NC_000913/4070531‑4071097 | tCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGa > 1:439356/1‑298 (MQ=255) gCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCAGTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTttccttc < 1:378218/299‑1 (MQ=255) cGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAg > 1:207006/1‑298 (MQ=255) ggAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGtttt < 2:202463/285‑1 (MQ=255) 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tttGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTagca < 1:149157/299‑1 (MQ=255) ggtgACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCAt > 2:105754/1‑284 (MQ=255) gtgACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCAt > 1:281865/1‑297 (MQ=255) tCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCCACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTATCCGCCAt > 2:418118/1‑285 (MQ=255) tCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCCTCTTCTAGCAGCCAt > 2:141991/1‑285 (MQ=255) ccGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCAt < 2:384188/284‑1 (MQ=255) 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ggCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTttgt < 2:482589/284‑1 (MQ=255) gctcttccgatctGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCGTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTttgtt < 2:491498/273‑1 (MQ=255) aCCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAGACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTc > 1:289502/1‑298 (MQ=255) 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cgacgaTAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCg > 1:453747/1‑299 (MQ=255) gaTAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGGTCAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTCGTGGTTGTTCGCAAc > 2:286807/1‑158 (MQ=255) | TCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTATCG > NC_000913/4070531‑4071097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |