Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,501,959 | C→T | 5.5% | intergenic (+370/+144) | yjgZ → / ← insG | uncharacterized protein/IS4 transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,501,959 | 0 | C | T | 5.5% | 231.6 / 2.1 | 73 | intergenic (+370/+144) | yjgZ/insG | uncharacterized protein/IS4 transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/32); new base T (2/2); total (39/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
GAGCAGTAAACACGCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCACTCTCGGGAAGGCCCTTTCCCTTCTTGTCGGTAATTTCACAAGTTGTCCCATACTTGCAAGATCGCGCATCAGCTCCGGTATACGTC > NC_000913/4501672‑4502251 | gagCAGTAAACACGCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTc > 1:378574/1‑299 (MQ=255) gagCAGTAAACACGCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTc > 1:37283/1‑299 (MQ=255) aaCACGCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGTATg > 2:54614/1‑283 (MQ=255) aaCACGCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTc > 1:338537/1‑299 (MQ=255) aaTGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTACTGTCTTTAGATCAGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGtaa > 2:497154/1‑283 (MQ=255) gTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCGAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTACGGGACATAGCCAGATACGCCACTGGCTGATGCAAGCAGCCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGACTGCGGGCATGACAATGTCACACAGTCAAAGAt > 2:441786/1‑285 (MQ=255) tCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGCCAATGTCAAACAGTCAAAGAt > 2:234461/1‑284 (MQ=255) 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aGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTggg > 1:206502/1‑299 (MQ=255) gTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTgggg > 1:137412/1‑299 (MQ=255) ttAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTACTTCAGATCTAGCCTCCGGTACCAGACTAGCTAGCCCCTACGCAACCAAATAAATCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGAc < 2:239295/284‑1 (MQ=255) 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aaataaatCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCTTATACACTGTCGGAGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACAAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATCGTGGGGTTGACGGTCAGTCTTGGGGCCAAAAAAGCCAAGTATTCTCGTTGGCAACCAGAGAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGaa > 2:143278/1‑283 (MQ=255) aaataaatCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGt > 1:303096/1‑297 (MQ=255) tCAACCATCGTCAGAGTGCAATCGTTCATATACACTGTCGGTGATGCGCTAAAAAATGCGTTAATGTTGAGTTCCTCGAACCCTTACCAATTAAGGGACATAGCCAGATACGCAACTGGCTGATGCAAGCAGTCTAATGTCTTTAGATCCGCTGGCCTGCGGGCATGACAATGTCAAACAGTCAAAGATTGTGGCGTTGACGGTCAGTCTTGGGGACAAAAAAGCTCAGTATTCTCGTTGGCAACCAGATAATTTAACAGTTGATGCTGAAACGAAATAGGCATCTTGGTTCTGTAAt > 1:594810/1‑298 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |