Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,070,817 | C→A | V314L (GTA→TTA) | yihS ← | sulphoquinovose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,070,817 | 0 | C | A | 96.8% | 218.5 / NA | 63 | V314L (GTA→TTA) | yihS | sulphoquinovose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (36/25); total (37/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTA > NC_000913/4070534‑4071094 | cgcatccccGGTGCAACCCCTGGATCCAGGCACGTCTCTAATGGGATTAGCGGATTCACCAGTCAATGCGGCATGGGATACCTCTCCTGTTGGCCGCCCCAGACGTTGGTGGTGACCTGATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCTGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGtt < 2:190646/283‑1 (MQ=255) cagACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCCTGTTTGATACCAGGTTTCCTACTGGCTATCGCCCGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCAGTGCTTCCACGCTAGCACAACTTAAACGTTc > 2:358133/1‑288 (MQ=255) agACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTcg < 1:511664/288‑1 (MQ=255) acacGCTGCAACCGCTGGAGACATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGACCCAGAATTAGGTGGTGACCTGCTTGGACGCATCCTGCTACTGCCACCAGGAACCATTTTCAGAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCAACATGTTTGAACCCAGGCTTGATACTGGCAATCCCCAGTGCCGGTGTAGAGCGCGTAGACCGTACCCATTGCTTCGAGAATCTGCCACCTTACAGGttagggt > 2:247108/4‑284 (MQ=255) aCCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCgg > 1:251490/1‑289 (MQ=255) gCCGGGCGTTAACGGGGTACGCGGGATCACCAGGAAATGCAGCAGGTGATAAATTTCCTTTGTTCCGGCCCAGACTTTGGGGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 2:284960/289‑1 (MQ=255) ccgttcgcTAACGGGCAACGCGGGTGCCCCGGGCAATGCAGCAGCTGATAAATATCCTGTTTGCCTTCCCCGACTTTGTTGGTGACCGTATTGTCCGCATCCAGCTCCTTCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCCTCAGTTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGATTGCATACTGGCTATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCaa < 2:654442/284‑1 (MQ=255) ccGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 1:389409/288‑1 (MQ=255) cAATGCAGCCGGTGATAAATATCCTGGTTGCCGTCCCAGACTTTTGTTGTGACCTTATTGTCCGCAGCCAGCTCCTTCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCggg < 2:413440/287‑1 (MQ=255) gATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATCGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCATCGGTATAAACATTCCCGTCCGCGCCCTCGGGTGCCCAGGCATcgc > 2:206906/1‑288 (MQ=255) 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gttGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAAGAACCATGTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATTCAGTACTCCCCCCATGTTTGAGACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACTGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCTGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCa < 1:286929/288‑1 (MQ=255) gtggtgACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCAtcg > 1:153714/1‑287 (MQ=255) aCCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTagca > 1:255107/1‑289 (MQ=255) cTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCCTCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTagcag > 1:404980/1‑288 (MQ=255) cGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCtggt > 1:398223/1‑289 (MQ=255) cGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGAGTACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTTTAGCAGCCATGCtggc > 1:179291/1‑288 (MQ=255) 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1:436374/1‑289 (MQ=255) accaTGTTTGATACCAGGTATCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCCCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCCCGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGAGGTGCAGCATTAAACGGGCCCATTCGTTcc > 1:338996/1‑288 (MQ=255) gTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTAGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGTTTGTTCGCAACGGGCTTCCCGGGCAGCAGGGGTGTGGAGCATTAACCGGCCCCATTCGACCCGGTgg > 2:141307/1‑288 (MQ=255) tttGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGtt < 1:436107/108‑1 (MQ=255) tttGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGtt > 2:436107/1‑108 (MQ=255) 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cccATTGCTGCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTACAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCa < 2:383323/289‑1 (MQ=255) ttGCTTCGACGATAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGCTGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGAGCGGAAGCGATGCGCCGGGTCATCTTTTGTGTAATCCGGCAGCgg > 1:239036/1‑289 (MQ=255) cgacgaTAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAATCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCAGGCAGCGGAttac > 1:397943/1‑286 (MQ=255) acgaTAGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTcc > 1:240231/1‑286 (MQ=255) cgctAGGCCAACTTACACGGTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACt < 1:377088/285‑1 (MQ=255) aGGCCAACTTAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTa > 1:482641/1‑289 (MQ=255) | AGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTA > NC_000913/4070534‑4071094 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |