| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,296,381 | +GC | intergenic (+587/+55) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 1 | . | C | 97.3% | 243.2 / ‑2.4 | 74 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (33/39); total (34/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,296,380 | 2 | . | G | 97.3% | 247.7 / ‑2.3 | 74 | intergenic (+586/+56) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (32/39); total (34/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAAT > NC_000913/4296173‑4296654 || cGCCTGCGGCGACGCTTGCCGGGTCTTATCAGGCGGAGTCAAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa < 1:347020/289‑1 (MQ=11)cGCCTGATGCGAAGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa < 1:480995/289‑1 (MQ=255) gACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAAGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATACGG‑CGTT‑TCCG‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCAACTCTTTCCGCGTCTTCTCAGGCCTATCTTCACCGTTGGTTAATTTTTCTAATTCGTcaaaa > 2:342948/1‑286 (MQ=11) aCGCTTAACGCGTCTTATCCGGCGTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc < 1:399041/289‑1 (MQ=255) ctcttgccgcgTCTTATCAGGCCTCGTCCAGACTGCGCCATAGCCTGATTTAGCGTGTTTTTTTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGTTGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc < 1:392225/281‑1 (MQ=14) cGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc < 1:667456/288‑1 (MQ=255) gccgcgTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTTAAACTCTTCACAcc > 2:753287/3‑283 (MQ=255) 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gTCTTAGCAGGGCTAGGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTGGTATGTCGGATAAGGCGTTTATGCCTCATCCGACATCAACGCCGGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCaaa < 1:342091/288‑1 (MQ=14) ctCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCaaa < 1:637736/287‑1 (MQ=255) tATCAGGCATACGCCAGACAGCGAAATAGACTGATATAGCGTGATTTGTTAAGTCGGATAAGGCGTTTATTCCGCAGCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCtt < 1:610270/289‑1 (MQ=14) 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cGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTc > 1:373378/1‑289 (MQ=255) cgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTTACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGTTTTAGCGGGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGCT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGCCGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTTACTTAACTGTTGGATAATTTTTCATACCCTGCAAACCCGGCATCAAAACCTTCCATTCaacctaggtcacac > 2:203223/1‑275 (MQ=11) cgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCACTAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGACTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTATCTTCAACGTTGGGTCATTTTTCAACCTCTTCACCACCGGTATACAAACCTTCCATACCGcatcggttacaa > 2:764003/1‑277 (MQ=11) 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CGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGG‑CGTT‑T‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAAT > NC_000913/4296173‑4296654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |