New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1773819 | 55 (0.740) | 7 (0.090) +GGTT |
3/512 | 8.4 | 11.3% | coding (31/867 nt) | ydiB | quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding |
? | NC_000913 | 1773820 = | 55 (0.730) | coding (32/867 nt) | ydiB | quinate/shikimate 5‑dehydrogenase, NAD(P)‑binding | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCA‑TCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGT > NC_000913/1773536‑1774094 | gctttgatctgatgatgGGTGGACTGGCTAACTTTTTTTTTCCACGGATTACCGGTTATCTGTGGAAAATCGTCATGCAATATTTCATTGTTTTCTATTTTACTTTCTCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTg < 2:722391/280‑1 (MQ=255) atttatttGATGATTGGTGTACTTGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTTGCTAACATCGGCCTGCAATATATCATTTTTCTCGATTTTACTTTCGCTCTGCTGACCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAATGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTg < 1:684515/287‑1 (MQ=255) atgtataTGATGATGGGTGGACTGGCTAACGTTGTTATTCCCCTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTg < 1:345230/284‑1 (MQ=255) aTTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTg < 1:192815/287‑1 (MQ=255) gatgatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGcctatc < 1:346445/289‑1 (MQ=255) atgatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGTTTTGGCGAGCGTAAATTTTTCACCCGTTTAAACCCAATTAAGCATAGAGGTTCAAGGAGTTAATTATGGTTGTTACCCAAAAATCCGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGcttatct > 2:346445/1‑288 (MQ=255) atgatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GTTTGATGGcctat > 1:309932/1‑287 (MQ=255) atgatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGcctat > 2:47737/1‑287 (MQ=255) atgatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGAATG‑‑‑‑GGTTGATGGccttt > 1:529933/1‑285 (MQ=255) gatgGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACCCAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTTATGGccaatccta > 1:580837/1‑289 (MQ=255) gatgGGCGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTTGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGAGAGCGTAAATTTTGAACCCGGTTAAACAAAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATGATGGATGTTACCGCAAAATGAGAATGGAGTG‑‑‑‑GGTAGGTGGcacatactt > 2:291510/1‑281 (MQ=255) ttATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGATCATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTACTTATGGATGTTACCGAAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGTCCTATCCTTTCCGCCACATTTTATCCCCCGaa > 2:442475/1‑289 (MQ=255) ttATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGACACAGTTTATCCCCCGaa > 1:779428/1‑289 (MQ=255) gATTACCGGTTATCTGTCAAACATCAGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTAGCGCTGCTGGCCCGGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATa < 1:148283/289‑1 (MQ=255) gATTACCGGTTAACTGTCGAACATCGGCCTTCAATATTTCATTGTTTTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATGACCGCAATTATTGTGTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATa < 2:309932/289‑1 (MQ=255) gCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCTCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGAtggaca > 2:262565/1‑284 (MQ=255) gCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GATTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGATATGCAGATTAAAGCCTTAGAACATGCGGGATTGCCa > 2:602098/1‑289 (MQ=255) cTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCAACCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCAtt < 1:391302/289‑1 (MQ=255) cTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGAGTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCAtt < 1:602098/289‑1 (MQ=255) atCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTatat < 1:291510/289‑1 (MQ=255) ttGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATgg > 1:460930/1‑287 (MQ=255) ctcGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACCGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTCGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGTCCTTcaa > 2:241472/1‑287 (MQ=255) ctcGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGACTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTAACTAAATGGccataga > 2:83790/1‑284 (MQ=255) ttttACTTTCGGGCTTCTGGCCCTGATTACCTCAATTATGGTTTGTATCCGCTGTTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCAACCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTgg < 1:147252/289‑1 (MQ=255) ttACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGAt < 1:47737/289‑1 (MQ=255) 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cTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCACAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTTAAGGATTAAAAGCTCTCAAACTgc > 1:277085/1‑289 (MQ=255) tACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCgg < 1:262565/289‑1 (MQ=255) gccGCGTTTTTATTATTCCTGAAAAGGATGTGCGGGTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGATGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGa < 2:460930/288‑1 (MQ=255) ccGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATAGGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGaa < 1:270982/289‑1 (MQ=255) gTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATGAAAAGCCATCAAAATgcgagaaagagg > 1:738816/1‑280 (MQ=255) attCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCAATTTAACTATATGGCCGTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCATCAAAATGCGCGGAACTGGAGTATCGAt > 1:124991/1‑289 (MQ=255) 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GTATTTATATGATGATGGGTGGACTGGCTAACTTTGTTATTCCACTGATTACCGGTTATCTGTCGAACATCGGCCTGCAATATATCATTGTTCTCGATTTTACTTTCGCGCTGCTGGCCCTGATTACCGCAATTATTGTTTTTATCCGCTATTACCGCGTTTTCATTATTCCTGAAAATGATGTGCGGTTTGGCGAGCGTAAATTTTGCACCCGGTTAAACACAATTAAGCATAGAGGTTAAAGGAGTTAATTATGGATGTTACCGCAAAATACGAATTGATTG‑‑‑‑GGTTGATGGCCTATCCTATCCGCCACAGTTTATCGCCCGAAATGCAGAATAAAGCCTTAGAAAAAGCGGGATTGCCATTTACCTATATGGCCTTCGAAGTGGATAACGATAGCTTTCCTGGAGCAATTGAAGGATTAAAAGCCCTCAAAATGCGCGGAACTGGTGTATCGATGCCGAACAAACAACTGGCGTGTGAATATGTTGATGAATTAACACCAGCTGCCAAACTGGTGGGGGCCATCAACACCA‑TCGTTAATGATGATGGCTATCTGCGT > NC_000913/1773536‑1774094 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |