| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,075,135 | T→G | I156S (ATC→AGC) | yihW → | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,075,135 | 0 | T | G | 98.8% | 284.6 / NA | 81 | I156S (ATC→AGC) | yihW | putative transcriptional regulator for sulphoquinovose utilization |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (43/37); minor base C (1/0); total (44/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
GTCGTTAATACGGCGTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGATCATTGGCCCTTCAGCGGCG‑TCCTTTGTGGCTGATTTTCGTGCTGATTATCTGGTAACAAGCGTTGGGGCGATTGAGAGCGATGGCGCGTTGATGGAGTTTGATGTAAACGAAGCTAACGTGGTGAAAACGATGATGGCGCACGCGAGAAATATTCTGCTGGTCGCCGATCACACTAAGTATCATGCTTCGGCGGCGGTTGAAATTGGTAACGTGGCACAGGTCACTGCGCTCTTTACCGACGAGCTGCCGCCCGCTGCGCTAAAATCACGCTTACAAGACAGCC > NC_000913/4074867‑4075419 | gtcgtGAATACGGCTTTCGAGCAGCGGGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCAGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGAGCATTGGCCCTTCAgcggcg < 1:657867/288‑1 (MQ=255) tcgtTAATACGGCGTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCCCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGAGAATTGGCCTTTCAGcgtcg‑t > 1:599879/1‑288 (MQ=255) tAATACGGCGTTCGAGCAGCGTGAGGTTTCGCAAACCGAGGAAAAAAAAGCGATTGCCGAAGCGGTGGCAGACTATATTCCTGATGGTTCAACAATATTTATCACCATTGGTACGACTGTTGAGCATGTTGCCCGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGCGGATAATCACCAACAGCCTGCGTGTGGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGCTTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGAGCATTGGCCCTTCAgcggcg < 1:35087/283‑1 (MQ=255) ggcggtcagggagcGTGACGTTTCGCAACACGAGTGAAAAAAAGCGATAGTCTGAGCGGGGGCAGACTATATTACTGAGGGTTCAACAATATTTATCACCCTTGGTAGGACTTTTGTGCATGTGGCCTGGGCGTTACTTAACCATAATCATTTGAGTGTAATCACCAACAGCCTGCGTGTCGCGCATATTCTTTACCACAACCCGCGATTTGAAGTGATGGTGCCCGGCGGTACGTTGCGCTCTCATAATAGCGGGAGCATTGGCCCTTCAGCGGCG‑TCCTTTGTGGCt < 2:221297/278‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |