| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,070,814 | G→A | R315C (CGT→TGT) | yihS ← | sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,814 | 0 | G | A | 98.7% | 263.5 / NA | 75 | R315C (CGT→TGT) | yihS | sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (42/31); total (43/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCT‑CCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGG > NC_000913/4070536‑4071091 | cagACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTc > 1:237275/1‑288 (MQ=255) acaCCCGCTGCAACCGCTGGAGCCAGGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTcg < 1:517642/286‑1 (MQ=255) gcgtgagcctggtGGAGCCGTGCCGCACGCGAACGGGATATGCGGGATAACCTGGCAAGCGAGCAGTTGATAAACATCCTGTTTGCCGTACCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTAATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGacc < 2:237275/277‑1 (MQ=255) cTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCCTCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATCCCAGGTTTCATCCTGGCGATCGCAAGTGCCGGTGTCGAGCGGGCAGGCCGTCCCCAGTGCTTCGACGCTAGGCCAACGTACACGTTGTCGGtcca > 2:517642/1‑288 (MQ=255) 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gCCGGGCGCTAACGGGATACGCTGGATCACCAGGCAATGCATCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTTACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 1:213192/289‑1 (MQ=255) gCCGGGCCCAAACTGGATACGCTGCACCACCATGCAATCCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCTTCCCATACTTTGTTGTTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCATGAACCATTTTCATAGTCCATCAGTTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 1:21860/289‑1 (MQ=255) cGGGCGCTAACAGGATAGGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCATGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCaa < 1:514540/288‑1 (MQ=255) 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tGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTACGAGCCATCGGGTGcga > 1:239223/1‑287 (MQ=255) gATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGTTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATcgcg < 1:630763/289‑1 (MQ=255) atatCCTGTTTGCCTTCCCAGACTTTGGTGGTTACCTTAGTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGGCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTGTTACTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACgg < 1:696042/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |