| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | 641 (4.690) | 341/564 | NT | 87.0% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3712115 = | 96 (0.700) | intergenic (‑108/+121) | yhjX/yhjY | pyruvate‑inducible inner membrane protein, putative transporter/autotransporter beta‑domain protein | |||||
Only 100 of 764 total aligned reads displayed.
AGACGAAATTGCCAGCCCCAGACTTAACAAGCCGAAAGAGAAAGCGACCTGGCTTACCGGCGCATCCAGCTTGGCGGAAAGCGCGCCATTAAACAGGCTCCAGGTATAAACCGACCCCAGCGCAAACTGGGTAATGATAGTACCGATGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATT > NC_000913/3711819‑3712414 | aacgcactatggcgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtaagaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTa > 1:659166‑M2/291‑300 (MQ=255) actatggcgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaaatcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaaggcatcgggcattatctgaacataaaacactaacaataagttgaagtcattacca > 2:1118160‑M2/286‑286 (MQ=255) cgacgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCt > 2:748799‑M2/279‑286 (MQ=255) acgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTa > 2:475691‑M2/277‑286 (MQ=255) cgctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGaatgaatg > 1:1265650‑M2/276‑300 (MQ=255) ggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCa > 2:898281‑M2/272‑286 (MQ=255) cttatgaggctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGgaatg < 2:1013235‑M2/21‑1 (MQ=255) 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ttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTgg < 1:965498‑M2/58‑1 (MQ=255) ttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTgg < 1:824740‑M2/58‑1 (MQ=255) cgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctaaaaataggtggagctgcatgccaaaggcatcgggcattatctgaacataaaacactataaataagttggagcaattaccACATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAAGtattcacacattt > 2:792633‑M2/239‑280 (MQ=255) ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTACGTTa > 1:1221337‑M2/236‑300 (MQ=255) ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTa < 1:896851‑M2/65‑1 (MQ=255) atatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGAGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCa > 1:615639‑M2/232‑299 (MQ=255) tatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattatcAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCAc > 1:692041‑M2/231‑299 (MQ=255) tggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggcttggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTgg < 2:955963‑M2/58‑1 (MQ=255) ggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCAccc > 1:1278492‑M2/228‑298 (MQ=255) 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tggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCa > 2:1146075‑M2/218‑285 (MQ=255) ctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaacatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCa > 2:523237‑M2/215‑286 (MQ=255) ggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCATCCAc < 2:209050‑M2/73‑1 (MQ=255) 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gttggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGtt < 2:585587‑M2/271‑1 (MQ=255) gttggagtcaataccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGtt < 2:165038‑M2/271‑1 (MQ=255) tggagtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGTCGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATcc < 1:372458‑M2/285‑1 (MQ=255) gtcattaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCCATATTTTGATTGAGCAACATATCCGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCCTCCGGCTCa > 1:18737‑M2/10‑300 (MQ=255) attaccAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGc < 1:418034‑M2/294‑1 (MQ=255) cAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCAAGCCAGTTGACGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATcc > 2:413239‑M2/2‑286 (MQ=255) | AGACGAAATTGCCAGCCCCAGACTTAACAAGCCGAAAGAGAAAGCGACCTGGCTTACCGGCGCATCCAGCTTGGCGGAAAGCGCGCCATTAAACAGGCTCCAGGTATAAACCGACCCCAGCGCAAACTGGGTAATGATAGTACCGATGAGTGTCAGCCAGCGGGTACGCTGATAATTTGAAGGTGTCATGGCAGTATTCCTGCAGTAATAAAAAGGAAAAATCTCTGCCGACAACCATAACGAAGTGCACTTTATGCCTGGGGAAAAACGGCATGAAATGCCATCAGAACGGAATGAAATGCCTTAGTTCAGGAATGAATGACGCGACAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATT > NC_000913/3711819‑3712414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |