Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,581,670 | C→A | 5.4% | intergenic (+31/+64) | tktB → / ← ypfG | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding/DUF1176 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,581,670 | 0 | C | A | 5.4% | 250.9 / 4.8 | 75 | intergenic (+31/+64) | tktB/ypfG | transketolase 2, thiamine triphosphate‑binding/DUF1176 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/31); new base A (2/2); total (42/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 |
CCCTCGACCGATATTTTCGACGCCCAGGATGAGGAATATCGGGAGTCGGTGTTGCCTTCTAACGTTGCGGCTCGCGTGGCGGTGGAAGCAGGTATTGCCGATTACTGGTACAAGTATGTTGGTCTGAAAGGGGCAATTGTCGGGATGACGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTGGCCCATGCCAGTTATCGCAGGTGGGTTCTGCGGCGTAACGCACCAGGCGAAAACGCTGACCGTCAAAGCGCCAGCGCGCCTGAATGCCACAATCGCTTAATCCGCGCCCTTTCGCTAAGGTCACCAGTTCACGCGATTTCTCATCAAATGTTGCGTTCATCAGTTCCAGTTCATTCGTCTCCTGACCGTTGTT > NC_000913/2581382‑2581961 | cccTCGACCGATATTTTCGACGCCCAGGATGAGGAATATCGGGAGTCGGTGTTGCCTTCTAACGTTGCGGCTCGCGTGGCGGTGGAAGCAGGTATTGCCGATTACTGGTACAAGTATGTTGGTCTGAAAGGGGCAATTGTCGGGATGACGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATAAGACGcgtcagc > 1:1097372/1‑294 (MQ=255) 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cAGGTATTGCCGATTACTGGTACAAGTATGTTGGTCTGAAAGGGGCAATTGTCGGGATGACGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTACCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTCCAGCGTCCTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGTTCCACCACGt > 2:26390/1‑285 (MQ=255) aGGTATTGCCGATTACTGGTACAAGTATGTTGGTCTGAAAGGGGCAATTGTCGGGATGACGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTC‑TATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTGGGCCAGGCGTCTgg < 1:1251834/298‑1 (MQ=255) gTATTGCCGATTACTGGTACAAGTATGTTGGTCTGAAAGGGGCAATTGTCGGGATGACGGGTTACGGGGAATCTGCTCCGGCGGATAAGCTGTTCCCGTTCTTTGGCTTTACCGCCGAGAATATTGTGGCAAAAGCGCATAAGGTGCTGGGAGTGAAAGGTGCCTGATGGTGATTGCCGGATGCTGATTGCCGGATGCGACGCTGACGCGTCTTATCCGGCCTACAGCGTCTTATCCGGCCTACATGTCCCGCCATTTTGTTTAACGGGTGATCCACAACGTggg > 2:349266/1‑285 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |