| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,070,413 | T→G | 5.1% | intergenic (‑12/+102) | yihR ← / ← yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,413 | 0 | T | G | 5.1% | 273.6 / 3.1 | 86 | intergenic (‑12/+102) | yihR/yihS | putative sulphoquinovose mutarotase/sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/27); new base G (2/5); total (54/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TTGAACTATGTTCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCGGACGGTCCCCTCGCCCCTTTGGGGAGAGGGTTAGGGAGAGGGGAAAACCCGCACCCTATTTTCAGATCAGTTATTTCGCATTAATATCCAGCAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTGATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGT > NC_000913/4070116‑4070705 | ttGAACTATGTTCATTAAGGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTATTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa < 1:691865/300‑1 (MQ=255) tCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATTCGCCACCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCACGTGAGGCTG‑ATGTCa > 1:1183927/1‑300 (MQ=255) tCATTAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCACGGGAGGCTGTATGTc < 1:332035/300‑1 (MQ=255) ttAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTAACCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAAc < 1:227268/300‑1 (MQ=255) tAATGGGTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGa > 2:791098/1‑285 (MQ=255) tAATGGGTAACGGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAg < 2:1161648/286‑1 (MQ=255) ggTAACTGATATTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCAACTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑a > 2:308773/1‑286 (MQ=255) 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atTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAAc < 2:253440/284‑1 (MQ=255) atTCCTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCAAAAACTGCACCgg > 1:1132142/1‑300 (MQ=255) ccTGCCCCTGATAGCGGTAACAGCCGTTGGCGATCCGGTTCGGCCACGGAATAAGCACTTTACCCAGATGCGCCAGCGGCATCTCTTCGGGTTTGTGCGGGATGACTAAATGACAACCCTGAAAGGTTAATTCAGCCAGACCAGCACCGACGGTCACAATGGTCGCGTGATAATCCCCCGCGGCAAGTGAAACGGTCTGTCCACTGCAATGCATATTGGTGATTTGCATACAAGGCACCTTAATTAACGACATACAGCCTCCCGTGAGGCTG‑ATGTCAAACCCaaa > 2:62872/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |