| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,323,257 | A→G | 5.7% | intergenic (‑27/+79) | phnE ← / ← phnD | defective phosphonate ABC transporter permease;transport; Transport of small molecules: Anions; membrane channel protein component of Pn transporter; membrane component of ABC superfamily/phosphonate ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,323,257 | 0 | A | G | 5.7% | 368.7 / 7.5 | 119 | intergenic (‑27/+79) | phnE/phnD | defective phosphonate ABC transporter permease;transport; Transport of small molecules: Anions; membrane channel protein component of Pn transporter; membrane component of ABC superfamily/phosphonate ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/57); new base G (5/2); total (60/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
AAAGGGGATGGAGAGAACCACCGCCAGCGCGGTGCCCCAGACGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCC > NC_000913/4322961‑4323546 | cttccgatctgagagaACCACCGCCAGCGCGGTGCCCCAGACGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAgg < 1:145962/290‑1 (MQ=255) 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aGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCgcc < 1:279649/299‑1 (MQ=255) ccGGATGCGGTGCAAGCACCTTATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAgcgc > 2:373937/1‑285 (MQ=255) cGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCgg < 2:696667/286‑1 (MQ=255) | AAAGGGGATGGAGAGAACCACCGCCAGCGCGGTGCCCCAGACGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCC > NC_000913/4322961‑4323546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |