Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,323,272 | 0 | C | T | 5.2% | 375.0 / 6.7 | 118 | intergenic (‑42/+64) | phnE/phnD | defective phosphonate ABC transporter permease;transport; Transport of small molecules: Anions; membrane channel protein component of Pn transporter; membrane component of ABC superfamily/phosphonate ABC transporter periplasmic binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/52); new base T (4/2); total (63/55) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.23e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GAACCACCGCCAGCGCGGTGCCCCAGACGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCCCAGCCCAGGCGTTCCAGCACC > NC_000913/4322975‑4323567 | tccgatcggCCAGCGCGGTGCCCCAGGCGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCAt < 1:333191/292‑1 (MQ=255) 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tGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCCCAGCCCAGGCGTTCCAGc < 1:142584/300‑1 (MQ=255) tGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCCCAGCCCAGGCGTTCCAGc < 1:369106/300‑1 (MQ=255) cACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCCCAGCCCAGGCGTTCCAGCa > 1:813267/1‑299 (MQ=255) aCCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCgcccagccc < 2:1073547/285‑1 (MQ=255) ccGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCCCCAGTTGAAGTTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCgcccagccca > 2:951792/1‑285 (MQ=255) gCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCCCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGACCCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGACTGGCCCCCAGCCCAGGc > 2:594618/1‑286 (MQ=255) | GAACCACCGCCAGCGCGGTGCCCCAGACGGCGATTTGCAGCGTGACGGCCATTTCGGTGAGGTAATCCTGCCACTGGCTGAAATCGGGCGGGAAGAAGTCGGCGGCGAACGTCGCCATGTTGCCGCCGTCTTTGATCAGCGTAAGCGGGGCCATTTCCGCGCCCTGCCACGAGACGACCAACACGGCGAGTACAACGGCCCAGCTCAGAAGCGAGAACCAGCTGCGCTTGGGTGGGGCGATGGTGATGGTTTGCATGTTTGGCTCCGGTCTGTAGGCCGGATAAGGTGCTTGCACCGCATCCGGCATCAACGCCTGCACATTGTCGGATGCGACGCCGGGGCGTCTTATCCGACCTACGATTTACTGCACCGCTTTACTCACCGAACTCATCGCGCTTAGCGCGTTGTTCAGGCGGTCCAGGTCATCCAGCTGCGCCTGAATCTCGGTGGTTTTTGCCAGCTTGTCCTGCTCATTCAGTCCTTTATTGCTTTTCACGCCCTGCATCTCTTTAAACAGCGCGAGCTGGCGAATCGGCACCAGTTGCAGGTCGCTGGAAGCGCGGAATGGCGCCCAGCCCAGGCGTTCCAGCACC > NC_000913/4322975‑4323567 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |