| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,444,191 | 0 | G | T | 5.9% | 394.2 / 9.6 | 114 | G27V (GGC→GTC) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/50); new base T (3/4); total (60/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGAATACCAGTACAACGTGACCGGAAAATGGTGGGGCGCGGTGTTTGTCGATAGTGGCGAAGCGGTAAGCGATATTCGCCGCAGCGACTTTAAAACCGGTACCGGGGTCGGCGTGCGCTGGGAATCGCCGGTCGGGCCAATCAAACTCGATTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTGCATCTGGCTGTCGGGCTTGAGTGCCTGTGGAACAGCAGTGTTTGTATTAATGATCTGGCGCTGAAAGACATTCAGGTCAACATCGACAGTAAAAAAATGCCTCCTTCTGAACAGGTTGAAGAAGAGGAAGATAGCGGTCCGCTGGA > NC_000913/4443893‑4444488 | aTACCAGTACAACGTGACCGGAAAATGGTGGGGCGCTGTGTTTGTCGATAGTGGCGAAGCGGTAAGCGATATTCGCCGCAGCGACTTTAAAACCGGTACCGGGGTCGGCGTGCGCTGGGAATCGCCGGTCGGGCCAATCAAACTCGATTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcacc < 1:685213/300‑1 (MQ=255) 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gCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTGCATCTGGCTGTCGGGCTTGAGTGCCTGTGGAACAGCAGTGTTTGTATTAATGATCTGGCGCTGAAAGACATTCCGGTCAACATCGACAGTAAAAACATGCCTCCTTCTGAACAGGTTGAAGAACAGGAACATa > 2:81182/1‑285 (MQ=255) gCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTGCATCTGGCTGTCGGGCTTGAGTGCCTGTGGAACAGCAGTGTTTGTATTAATGATCTGGCGCTGAAAGACATTCAGGTCAACATCGACAGTAAAAAAATGCCTCCTTCTGAACAGGTTGAAGAAGAGGAAGATAg < 2:544881/286‑1 (MQ=255) gCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTGCATCTGGCTGTCGGGCTTGAGTGCCTGTGGAACAGCAGTGTTTGTATTAATGATCTGGCGCTGAAAGACATTCAGGTCAACATCGACAGTAAAAAAATGCCTCCTTCTGAACAGGTTGAAGAAGAGGAAGATAGCGGTCCGCTGGa > 1:529367/1‑298 (MQ=255) | GGAATACCAGTACAACGTGACCGGAAAATGGTGGGGCGCGGTGTTTGTCGATAGTGGCGAAGCGGTAAGCGATATTCGCCGCAGCGACTTTAAAACCGGTACCGGGGTCGGCGTGCGCTGGGAATCGCCGGTCGGGCCAATCAAACTCGATTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTGCATCTGGCTGTCGGGCTTGAGTGCCTGTGGAACAGCAGTGTTTGTATTAATGATCTGGCGCTGAAAGACATTCAGGTCAACATCGACAGTAAAAAAATGCCTCCTTCTGAACAGGTTGAAGAAGAGGAAGATAGCGGTCCGCTGGA > NC_000913/4443893‑4444488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |