| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,070,814 | G→A | R315C (CGT→TGT) | yihS ← | sulphoquinovose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,070,814 | 0 | G | A | 98.0% | 354.7 / NA | 98 | R315C (CGT→TGT) | yihS | sulphoquinovose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (55/41); minor base C (1/1); total (56/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACGTACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTAGCAGCCATGCTGGTGGTTGTTCGCAACGGGCTTCCAGGGCAGCATGGATGTGCAGCATTAAACGGCCCCATTCGATCCAGTGGCCTGGTGTACCTCCGAACGCGCGGAAGCGATGCGCCGGGTTATCTTTGTTGTAATCCGGCAGCGGATTCCACTGGGTA > NC_000913/4070536‑4071094 | cagACCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCCACATCAACGTTc > 1:1194989/1‑288 (MQ=255) aCCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCgg > 1:594455/1‑289 (MQ=255) aCCCGCTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCgg > 1:65336/1‑289 (MQ=255) ccGCTGCAACCGCTGGGGCCATGCCGGGCGCTAAAGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCATGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACTATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGac < 1:523747/289‑1 (MQ=255) cTGCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGacca > 1:174170/1‑288 (MQ=255) gCAACCGCTGGAGCCATGCCGGGCGCTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGACCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCg > 1:753004/1‑289 (MQ=255) acacccgttgAGCCAGCCCGGGAGCTAACGCCGTTCGCGGGATCCCCCGGCCATGCCGC‑GCTGTATAAACACCCTTTTTGCCCTCCCTGTCTTTGTTGTCGACCTTCTTATCCGCCTCCCGCTCCTGCCACCATGACCCACTTTCTTAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTCCTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGCGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGTACCACCgg < 2:925342/280‑1 (MQ=255) gCCGGGCACTAACGGGATACGCGGGATCACCAGGCAATGCAGCAGGTG‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 1:26087/289‑1 (MQ=255) cctggCGCCACCGGGATACCCGCGATCACCGGGCAATGCATCAGGTT‑ATACATACCCTTTTTGCCGTCCCAGCCTTGTGTGGTGCCCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 2:65336/285‑1 (MQ=255) ccGGGCGCTAAGGGTATACGCGGGTTCACCGTGCAATGCAGCCGGGG‑ATAAATACCCGGTTTGCCGTCCCCGACTTTGGTGTTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTTCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGGTACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCa < 2:1236411/288‑1 (MQ=255) 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g‑ATAAATATCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATcgc > 1:725485/1‑288 (MQ=255) atatCCTGTTTGCCTTGCCAGACTTCGTTGGTAACCTTATTGTCCGCCTCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCCTAGTCCAGCAGGGACTTAATGAAGTACTCCCACCCTGTGTGATACCAGGTAGCATACTGGAGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCAAACATAGACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACgg < 2:350431/289‑1 (MQ=255) atatCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACgg < 1:117331/289‑1 (MQ=255) atatCCTGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACgg < 2:407148/289‑1 (MQ=255) tGTTTGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGt > 1:454656/1‑289 (MQ=255) tttGCCGTCCCAGACTTTGGTGGTGACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCCTCGCGCCCGGTGGCGtca > 2:177636/1‑287 (MQ=255) 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cTTCGGTGTTGACCCTATTGTACTAAGACACATCGTGCCACCAGGAAACAGCTTCATAGTCCATCAGGTACTGAATGCAGTACTCCCACCTTGGTTGATACCAGGTTTCAGACTGGCGAGCGCCAGTGACGGTGTAGATCGCGTAGGCCGTACCCATTGCGTCGACGATAGGCCAACATACACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGc < 2:1186184/289‑1 (MQ=255) tgccattATTGTCCGCATCCAGTTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCAGCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTGTGATACCAGGTGTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGTCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTag < 2:454656/284‑1 (MQ=255) tgACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCa > 2:496181/1‑248 (MQ=255) tgACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCa < 1:496181/248‑1 (MQ=255) gtaCCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCACCTTCTa > 1:830900/3‑288 (MQ=255) gACCTTATTGTCCGCATCCAGCTCCTGCCACCAGGAACCATTTTCATAGTCCATCAGGTACTTAATGCAGTACTCCCACCATGTTTGATACCAGGTTTCATACTGGCGATCGCCAGTGACGGTGTAGAGCGCGTAGGCCGTACCCATTGCTTCGACGATAGGCCAACATAAACGTTCGCGGACCACCGGTTTTCCTTCCCAGTCAACGGTATAAACAATCCCGTCCGCGCCATCGGGTGCCCAGGCATCGCGCACGGTGGCGTTAAACAGACCTTTGGCATCTTCTag < 1:177636/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |