Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,881,859 | C→T | intergenic (‑50/‑53) | dmlR ← / → dmlA | transcriptional activator of dmlA/D‑malate oxidase, NAD‑dependent; putative tartrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,881,859 | 0 | C | T | 96.3% | 61.4 / NA | 28 | intergenic (‑50/‑53) | dmlR/dmlA | transcriptional activator of dmlA/D‑malate oxidase, NAD‑dependent; putative tartrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (14/12); minor base G (0/1); total (14/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 |
CGCTGCGCCCATTCATAAATCCGCTCTCCTTCTTCGGTAATGGTGACGCGGCGGGTGGTGCGGTGTAACAACACCACGTTTAGCGTTTGCTCCAGCAAGGCGATGCGCTTGCTGACGAACGCCGGTGAAACGCCCAGTTCTTCCGCCACGGCGGCAAAACCAGCCCGGCGAGCCACCAGCATAAAGACGCGCAAATCATTCAGCAGCGGTAAATTATTCATGATTCGTGTTTTATGTTTCACCAGTTACGGGGATTAATTCCTTTTCAGTCAATTATAGGATGGTGATGTTGTCAATTTTGATGGTCAGGAAGTGAGAACCCAATGATGAAAACGATGCGTATTGCTGCGATCCCGGGAGACGGGATTGGCAAAGAAGTCCTTCCTGAAGGGATTCGCGTGTTACAGGCTGCCGCTGAGCGCTGGGGCTTCGCCTTGAGTTTTGAGCAAATGGAGTGGGCGAGCTGCGAGTATTACAGCCATCACGGTAAAATGATGCCGGACGACTGGCATGAGCAACTTA > NC_000913/1881589‑1882110 | cGCTGCGCCCTTGCCTACATCTGCTCTCCTTCTTCGGTAATGGTGTCGCGGCGGTTGGTGCGGTGTAACAACACCACGTTTAGCGTTTGCCCCAGCAAGGCGATGCGTTTGCTGACGAGCGCCGGTGAAACGCCCAGTTCTTCCGCCACGGCGGCAAAACCAGCCCGTCGAGCCACCAGCATAAAGACGCGCAAATCATTCAGCAGCGGTAAATTATTCATGATTCGTGTTTTATGTTTCCCCAGTTACGGGGATTAATTCCTTTTCAGTTAATta < 1:303050/276‑1 (MQ=255) 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CGCTGCGCCCATTCATAAATCCGCTCTCCTTCTTCGGTAATGGTGACGCGGCGGGTGGTGCGGTGTAACAACACCACGTTTAGCGTTTGCTCCAGCAAGGCGATGCGCTTGCTGACGAACGCCGGTGAAACGCCCAGTTCTTCCGCCACGGCGGCAAAACCAGCCCGGCGAGCCACCAGCATAAAGACGCGCAAATCATTCAGCAGCGGTAAATTATTCATGATTCGTGTTTTATGTTTCACCAGTTACGGGGATTAATTCCTTTTCAGTCAATTATAGGATGGTGATGTTGTCAATTTTGATGGTCAGGAAGTGAGAACCCAATGATGAAAACGATGCGTATTGCTGCGATCCCGGGAGACGGGATTGGCAAAGAAGTCCTTCCTGAAGGGATTCGCGTGTTACAGGCTGCCGCTGAGCGCTGGGGCTTCGCCTTGAGTTTTGAGCAAATGGAGTGGGCGAGCTGCGAGTATTACAGCCATCACGGTAAAATGATGCCGGACGACTGGCATGAGCAACTTA > NC_000913/1881589‑1882110 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |