Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 712,875 | +C | intergenic (‑73/‑112) | ybfF ← / → seqA | acyl‑CoA esterase/negative modulator of initiation of replication |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 712,875 | 1 | . | C | 97.5% | 280.3 / ‑0.7 | 79 | intergenic (‑73/‑112) | ybfF/seqA | acyl‑CoA esterase/negative modulator of initiation of replication |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (46/31); total (47/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
CATTACCGGATCTCTCGGTGAAAGACCGTGGTTACGCATATCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑T‑AAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATTGCCAGCCACACTAAGCATATCGGCGAGAGCGCATCCGACATTTTACGGCGTATGTTGAAATTTTCCGCCGCA‑T‑CACAGCCTGCTGCTCCGGTGACGAAAGAGGTTCGCGTTGCGTCACCTGCTATCG > NC_000913/712617‑713155 | cATTACCGGATCTCTCGGTGAAAGACCGTGGTTACGCATATCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGcc < 1:718713/289‑1 (MQ=255) cATTACCGGATCTCTCGGTGAAAGACCGTGGTTACGCATATCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGGTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATTTTGACTATTGTG‑CAGAGTGGCTGC‑AACAAC‑TCAAGGTTTATTCCGGGTTTTTGTGAAAGcc > 2:151382/1‑289 (MQ=255) gATCTCTCGGTGAAAGACCGTGGTTACGCATATCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTTTTCCGCGTTTTTCTGAAAGCCAGGCTTGa > 1:780404/1‑289 (MQ=255) atCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGCTGGGAGAAGTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTAATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGACACAG‑GGCTGC‑AACGAA‑TCAAGGTTTCTTCCGAGTTTGTCTGCAAGCCAGTCTTGACGCCACGTGCTGCCggggtcatttcagctac > 2:465356/1‑275 (MQ=255) atCAACCTGGATGATATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCatat > 1:332977/1‑287 (MQ=255) atgatATTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAT‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCACGGCTTGACGCTATCCTCTGCGGGGATTTCTTCTTTTACTCCTTGCGat > 2:499896/1‑288 (MQ=255) atTGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCg > 1:33616/1‑252 (MQ=255) atTGGGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCg < 2:33616/252‑1 (MQ=255) ttGTGATCGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAt < 1:114727/289‑1 (MQ=255) ttGTGATAGTTTACCAGGTCGGGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAt < 2:642606/289‑1 (MQ=255) 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gtggtACCAGATGGCGAGCCCGTGCGACAATGTGGTTGAGGCTGCCAAACAGAGCGTGGACAAGAAGGATGGGAGAATTATTGGTCTGTTTTTGGGCAGTTTGTGCGCGGATATTCAATTTCAGGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGGCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTa < 2:308709/285‑1 (MQ=255) cGTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGTCCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTa < 1:419794/289‑1 (MQ=255) gTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCTGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCGGGGATTTATTCTTATTCTCCTGGCGACTTGTCTTCAGCtga > 2:575554/1‑287 (MQ=255) gTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCCGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTACTATACTCCTTGCTCCTTGTATTCGACTaa > 2:482773/1‑289 (MQ=255) gTTTACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTTGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGAGACTTGTATTCAGCTaa > 1:412952/1‑289 (MQ=255) ttACCAGATCGCGAGCCAGTACGCCAAGGTGGTCGAGGCTGCCAAACAGACCGTGGACAAGAACGATGGGAGAATTATTGTGCTGGTTTTGTGCAGTTTGCGCGCGGATATTCAATTTCATGGCAAAGTTCTTTTTTTCGCGTTGTCGGGTTAGGGTATTATGTTGACCATTGTGCCACAG‑GGCTGC‑AACAAA‑TCAAGGTTTATTCCGAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGa < 1:231178/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |