Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,169,382 | C→G | 5.2% | intergenic (+52/+30) | bhsA → / ← ldtC | biofilm, cell surface and signaling protein/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,169,382 | 0 | C | G | 5.2% | 463.9 / 14.2 | 134 | intergenic (+52/+30) | bhsA/ldtC | biofilm, cell surface and signaling protein/L,D‑transpeptidase linking Lpp to murein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/67); new base G (2/5); total (62/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.08e-01 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGACGGCGGACATCCACCGGCATCCCGGAACGGACATCCATCACATGTTGCATCACTTCAGCGTCAGTTTGTGCTGCATCTTTAAATGATTGCATTGCGCTATTCAGCGTAATTGGCAGCAGCTGCGGATCGTCATCAATCTTCTCTGACAGCGGCTGATGTACTTCAACCAGACGCGCACCGTTTGGTTCGGCAGAGACTTTTATCGGAGTGTTGATGATATTCACTTTGGTGCCTGGGGTG > NC_000913/1169085‑1169679 | aTCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACACGGCATGTCGCggg < 1:93914/300‑1 (MQ=255) 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tGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCAGTGTCGCGGGGATTTTTTTAt > 2:310823/1‑286 (MQ=255) aTTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGttt < 1:1468213/300‑1 (MQ=255) tttGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTtg < 1:1364679/300‑1 (MQ=255) gCGTCTGTCGAAGTTCAGTCCACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGtt < 2:263941/286‑1 (MQ=255) ggCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTtgat < 1:1192187/300‑1 (MQ=255) gTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGCcg > 1:257349/1‑300 (MQ=255) 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aTGCCTTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGACGGCGGACATCCACCGGCATCCCGGAACGGACATCCATCACATGTTGCATCACTTCAGCGTCAGTTTGTGCTGCATCTTTAAATGATTGCATTGCGCTATTCAGCGTAATTGGCAGCAGCTGCGGATCGTCATCAATCTTCTCTGACAGCGGCTGATGTACTTCAACCAGACGCGCACCGTTTGGTTCGGCAGAGACTTTTATCGGAGTGTTGATGATATTCACt < 2:312103/286‑1 (MQ=255) aTGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGACGGCGGACATCCACCGGCATCCCGGAACGGACATCCATCACATGTTGCATCACTTCAGCGTCAGTTTGTGCTGCATCTTTAAATGATTGCATTGCGCTATTCAGCGTAATTGGCAGCAGCTGCGGATCGTCATCAATCTTCTCTGACAGCGGCTGATGTACTTCAACCAGACGCGCACCGTTTGGTTCGGCAGAGACTTTTATCGGAGTGTTGATGATATTCACt > 2:199689/1‑286 (MQ=255) tGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGACGGCGGACATCCACCGGCATCCCGGAACGGACATCCATCACATGTTGCATCACTTCAGCGTCAGTTTGTGCTGCATCTTTAAATGATTGCATTGCGCTATTCAGCGTAATTGGCAGCAGCTGCGGATCGTCATCAATCTTCTCTGACAGCGGCTGATGTACTTCAACCAGACGCGCACCGTTTGGTTCGGCAGAGACTTTTATCGGAGTGTTGATGATATTCACTTTGGTTCCTggggag > 1:1017186/1‑298 (MQ=255) | AAAACCCTCATCGCTGCGGCGATTTTAAGCTCCATGTCATTTGCCAGCTTTGCGGCTGTCGAAGTTCAGTCAACGCCAGAAGGCCAACAAAAAGTCGGTACAATCAGTGCTAACGCGGGGACAAATCTGGGATCGCTGGAAGAGCAGCTGGCGCAAAAAGCGGATGAGATGGGCGCAAAATCTTTCCGTATTACTTCTGTAACCGGTCCGAATACCCTCCATGGAACAGCAGTAATTTATAAATAAGCATTAACCCTCATTAATGCCTGCTACTGCTGATTTTTTCCCCGCGACATGCCGTGTCGCGGGGATTTTTTTATCCGGGCTTTACAGCGTTTGTGGGCTCACTTGATGACGGCGGACATCCACCGGCATCCCGGAACGGACATCCATCACATGTTGCATCACTTCAGCGTCAGTTTGTGCTGCATCTTTAAATGATTGCATTGCGCTATTCAGCGTAATTGGCAGCAGCTGCGGATCGTCATCAATCTTCTCTGACAGCGGCTGATGTACTTCAACCAGACGCGCACCGTTTGGTTCGGCAGAGACTTTTATCGGAGTGTTGATGATATTCACTTTGGTGCCTGGGGTG > NC_000913/1169085‑1169679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |