Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,035,394 | A→T | 8.1% | intergenic (+392/‑249) | SAS0963 → / → SAS0964 | hypothetical protein/putative exported protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,035,394 | 0 | A | T | 8.1% | 341.9 / 11.3 | 83 | intergenic (+392/‑249) | SAS0963/SAS0964 | hypothetical protein/putative exported protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/29); new base T (2/5); total (49/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAATGATGGTTAAAGAAAATCTCATTTAGTCACCGTCTTTTTAACGGGTTCAATAGGGGACATGTTCCTGCATGTCGTCTATTTATGCACTGCGC > BX571857/1035299‑1035490 | aTGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAAc > 1:2037123/1‑97 (MQ=255) aaGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGaa < 1:1474259/97‑1 (MQ=255) aGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAat < 2:2042101/97‑1 (MQ=255) tCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAatgat < 1:1678866/97‑1 (MQ=255) cATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAatgatg < 1:831046/97‑1 (MQ=255) cATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAatgatg > 1:1843198/1‑97 (MQ=255) 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ATGAAGTTCATATATTAATATAACTTTCATTGATATAGAAGTCGCAATGATTAATTTAAACAATAAAAAACAACCATCATTTCAAAACTTTGACAACGAATGATGGTTAAAGAAAATCTCATTTAGTCACCGTCTTTTTAACGGGTTCAATAGGGGACATGTTCCTGCATGTCGTCTATTTATGCACTGCGC > BX571857/1035299‑1035490 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |