Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,914,095 | G→A | 100% | V11I (GTA→ATA) | SAS1762 → | putative peptidyl‑prolyl cis‑isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,914,095 | 0 | G | A | 96.7% | 389.0 / 3.0 | 91 | V11I (GTA→ATA) | SAS1762 | putative peptidyl‑prolyl cis‑isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (63/25); total (65/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GATTGGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACGT > BX571857/1914002‑1914186 | gattgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATaa > 2:782713/1‑97 (MQ=255) ttgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACa > 1:2646743/1‑97 (MQ=255) tGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTa > 2:275029/1‑97 (MQ=255) tGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTa > 1:1225217/1‑97 (MQ=255) ataataTAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGt > 2:2502452/1‑97 (MQ=255) taataTAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAACAGCTAGTg > 1:489814/1‑97 (MQ=255) aataTAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGc > 1:346667/1‑97 (MQ=255) atatAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCt > 1:2219465/1‑97 (MQ=255) tataAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCtt < 2:813890/97‑1 (MQ=255) ataAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCttt > 2:454898/1‑97 (MQ=255) taAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTtta > 1:964726/1‑97 (MQ=255) taAAACTATGTTATAGTCACGATGAGTAAATTACAGAGGAGATTCGGCTAAGAAAAAGAAAAACAAATTAATCGTCGCGATAACAGCCAGTGCAtta > 2:1885864/1‑97 (MQ=255) aaaCTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttatt > 1:758055/1‑97 (MQ=255) aaaCTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttatt > 2:596225/1‑97 (MQ=255) aaaCTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttatt > 2:1023903/1‑97 (MQ=255) aaaCTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttatt > 2:454502/1‑97 (MQ=255) aCTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttattat > 1:811086/1‑97 (MQ=255) tATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttattatta > 2:2169254/1‑97 (MQ=255) tATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTttattatta > 2:2659549/1‑97 (MQ=255) aTGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAg > 2:1546754/1‑97 (MQ=255) tGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAgg > 1:1315595/1‑97 (MQ=255) tGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAgg > 2:1357354/1‑97 (MQ=255) tGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAgg > 1:859051/1‑97 (MQ=255) ttATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGgcg > 1:2419494/1‑97 (MQ=255) tataTTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGgcgc > 2:1469732/1‑97 (MQ=255) tatTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTCATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCtt > 2:1664695/1‑97 (MQ=255) tatTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCtt > 1:1424541/1‑97 (MQ=255) tatTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCtt < 1:1353811/97‑1 (MQ=255) ttCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTtgt > 2:2344871/1‑97 (MQ=255) cACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTgg > 2:2318334/1‑97 (MQ=255) cACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTgg > 1:1641939/1‑97 (MQ=255) atgatTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCt < 1:1577831/97‑1 (MQ=255) tgatTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTa > 2:1844128/1‑97 (MQ=255) tgatTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTa > 1:1132081/1‑97 (MQ=255) gatTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAg > 2:1345409/1‑97 (MQ=255) atTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGt > 1:1263994/1‑97 (MQ=255) atTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGATAGt > 2:251280/1‑97 (MQ=255) tAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGc > 1:1759982/1‑97 (MQ=255) tAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGc < 1:174722/97‑1 (MQ=255) tAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCCTGAGGCGCTAGTGc > 2:2348024/1‑97 (MQ=255) aaCTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGcc > 1:1217630/1‑97 (MQ=255) aCTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCca < 1:1322696/97‑1 (MQ=255) ttACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATACACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCcaca > 2:1780021/1‑97 (MQ=255) ttACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCcaca > 1:821640/1‑97 (MQ=255) ttACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCcaca > 2:2233729/1‑97 (MQ=255) tACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAg > 1:809527/1‑97 (MQ=255) tACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAg < 1:1512064/97‑1 (MQ=255) tACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTAGTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAg < 2:1399963/97‑1 (MQ=255) cAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGAc > 2:2197242/1‑97 (MQ=255) aaGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGActc > 2:2117457/1‑97 (MQ=255) ggAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTa > 1:923320/1‑97 (MQ=255) gAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTaa > 2:2373142/1‑97 (MQ=255) gAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTaa > 1:1750946/1‑97 (MQ=255) aGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTaaa < 1:1226784/97‑1 (MQ=255) gTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAg > 1:889166/1‑97 (MQ=255) aCTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATa < 1:1069094/97‑1 (MQ=255) aCTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATa < 1:2611184/97‑1 (MQ=255) aCTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATa < 1:2611508/97‑1 (MQ=255) cTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATAc < 2:604645/97‑1 (MQ=255) cTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATAc < 2:1850184/97‑1 (MQ=255) cTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATAc > 1:2284299/1‑97 (MQ=255) tATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACa < 1:2380533/97‑1 (MQ=255) tATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACa > 1:2512332/1‑97 (MQ=255) tATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACa > 2:2300498/1‑97 (MQ=255) tGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACAtt < 1:2660160/97‑1 (MQ=255) aaGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTaa < 2:1750869/97‑1 (MQ=255) aGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAAt > 1:963167/1‑97 (MQ=255) gatgatAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAAtt > 1:1292718/1‑97 (MQ=255) gatgatAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAAtt > 1:1505418/1‑97 (MQ=255) tgatAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATttc > 2:678889/1‑97 (MQ=255) tgatAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATttc > 1:719299/1‑97 (MQ=255) atAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATttctt < 2:1251521/97‑1 (MQ=255) atAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATttctt < 2:1251089/97‑1 (MQ=255) tAAACAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATttcttc > 1:429308/1‑97 (MQ=255) aaCAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTa > 1:2429120/1‑97 (MQ=255) aCAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTaa < 2:773463/97‑1 (MQ=255) cAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTaaa < 1:338821/97‑1 (MQ=255) cAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTaaa > 2:2332238/1‑97 (MQ=255) cAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTaaa < 1:1631691/97‑1 (MQ=255) cAAATTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTaaa > 2:119737/1‑97 (MQ=255) aaaTTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAg > 2:748425/1‑97 (MQ=255) aaTTAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGc < 1:1039219/97‑1 (MQ=255) aTTAATCGTTCCGATAACCGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCCAGAGCCACCGCCTCTAAAGAACATACATTACTTTCTTCCAAACCt > 2:2610223/1‑97 (MQ=255) tAATCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTgg > 1:1710657/1‑97 (MQ=255) aaTCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGga > 2:1584495/1‑97 (MQ=255) aTCGTTCCGGTAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGgag < 2:244384/97‑1 (MQ=255) aTCGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGgag < 2:731694/97‑1 (MQ=255) cGTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGAc > 2:1856478/1‑97 (MQ=255) gTTCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACg > 1:1394673/1‑97 (MQ=255) ttCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACGt < 2:66743/97‑1 (MQ=255) ttCCGATAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACGt < 1:712323/97‑1 (MQ=255) | GATTGGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACGT > BX571857/1914002‑1914186 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |