Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 2,667,682 | G→C | 9.5% | intergenic (‑13/‑239) | SAS2489 ← / → SAS2490 | putative aminotransferase/putative membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 2,667,682 | 0 | G | C | 9.5% | 810.6 / 64.3 | 207 | intergenic (‑13/‑239) | SAS2489/SAS2490 | putative aminotransferase/putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (75/111); new base C (10/10); total (86/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
TAACGGATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATACTGCTCAAATACCGTCATGCCTCTATGAATACT > BX571857/2667586‑2667778 | tAACGGATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTg < 2:919250/97‑1 (MQ=255) aCGGATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGAc < 2:756971/97‑1 (MQ=255) ggATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAg < 1:971483/97‑1 (MQ=255) ggATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAg < 1:2004133/97‑1 (MQ=255) taataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTAt < 1:2574454/97‑1 (MQ=255) taataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTAt > 1:1641570/1‑97 (MQ=255) aataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTAtt < 1:230291/97‑1 (MQ=255) aataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTAtt > 1:1700864/1‑97 (MQ=255) aataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTAtt > 2:282234/1‑97 (MQ=255) tttAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTATTAAtg < 2:305261/97‑1 (MQ=255) tttAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTATTAAtg > 1:1642980/1‑97 (MQ=255) tAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAAtgtg > 1:625887/1‑97 (MQ=255) tAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAAtgtg < 2:1953942/97‑1 (MQ=255) aaTACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTgc < 2:650891/97‑1 (MQ=255) 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ataatGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCACTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTaa > 1:2055383/1‑97 (MQ=255) taatGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTaaa < 2:2392788/97‑1 (MQ=255) atGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATc > 2:1418789/1‑97 (MQ=255) tGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCg > 2:601223/1‑97 (MQ=255) tGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCg < 1:533994/97‑1 (MQ=255) tGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCg < 2:1946815/97‑1 (MQ=255) gTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGa > 1:342380/1‑97 (MQ=255) ttCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGAt > 1:641122/1‑97 (MQ=255) 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ctTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAAt < 1:689908/97‑1 (MQ=255) ttGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATc > 1:1940144/1‑97 (MQ=255) tGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATcc < 2:259369/97‑1 (MQ=255) tGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGGGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATcc < 2:1649997/97‑1 (MQ=255) gAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCg > 2:1533659/1‑97 (MQ=255) aattaattGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGa < 2:2269606/97‑1 (MQ=255) ttaattGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGAtt > 1:400870/1‑97 (MQ=255) taattGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGAttt > 1:197819/1‑97 (MQ=255) aattGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTCACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTa < 1:1049909/97‑1 (MQ=255) ttGATGTTCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACTGTATTAATGTGCAAGCAAAGTTGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGTTTTaaa < 2:891233/97‑1 (MQ=255) gATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAAt > 2:2456141/1‑97 (MQ=255) aTGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATa < 1:1029052/97‑1 (MQ=255) tgtgCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATAc < 1:1543094/97‑1 (MQ=255) tgtgCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGCATTAATGTGCAAGCAAGGTGCCCCCTATCCAAACGATTATAAAATCAGCTTAAAAacac > 2:101421/1‑97 (MQ=255) tgCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATACTg > 1:2472668/1‑97 (MQ=255) tgCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATACTg > 1:1436694/1‑97 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |