| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,778,123 | C→T | 6.3% | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 ← | collagen adhesin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,778,123 | 0 | C | T | 6.3% | 247.7 / 6.7 | 77 | A1049T (GCA→ACA) | SAS2578 | collagen adhesin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/31); new base T (3/2); total (44/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAT > BX571857/2778027‑2778148 | cATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGc < 2:85067/97‑1 (MQ=33) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc < 2:2464669/97‑1 (MQ=33) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:120773/1‑97 (MQ=34) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc < 2:1141870/97‑1 (MQ=33) aTTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACCGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcc > 2:2460749/1‑97 (MQ=21) ttGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGccc < 1:2825578/97‑1 (MQ=34) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGcctc > 1:714805/1‑95 (MQ=18) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCa < 2:3333994/97‑1 (MQ=33) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCa > 2:2987094/1‑97 (MQ=34) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCa > 1:714948/1‑97 (MQ=34) tGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCa > 1:1291883/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:1420247/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:1926015/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:3175869/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:1346607/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:1343650/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:1116170/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 1:541802/1‑97 (MQ=34) gTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCAc > 2:116424/1‑97 (MQ=34) ttATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACg < 2:2589175/97‑1 (MQ=33) ttATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACg < 2:1105689/97‑1 (MQ=33) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt < 2:2701593/97‑1 (MQ=33) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt < 1:3231148/97‑1 (MQ=34) tATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGt > 1:1061285/1‑97 (MQ=33) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAGTCCTGCCCCCGTAt < 2:1059384/97‑1 (MQ=16) tCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAt > 1:1952590/1‑97 (MQ=33) ccACATGTGTTGTATAACCTTTACCTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATg < 2:1136186/97‑1 (MQ=16) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg < 1:3060414/97‑1 (MQ=34) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg < 2:3494308/97‑1 (MQ=33) ccACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATg > 2:1265164/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGCCTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 1:3548980/1‑97 (MQ=21) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATgg > 1:1700398/1‑97 (MQ=21) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTAggg > 2:3485228/1‑97 (MQ=21) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 1:3549063/1‑97 (MQ=34) cacaTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgg > 2:106945/1‑97 (MQ=34) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTTTATTTTACTGGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATgggg > 1:2643691/1‑96 (MQ=255) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt < 1:228323/97‑1 (MQ=33) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt > 1:334564/1‑97 (MQ=34) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGt > 2:3141605/1‑97 (MQ=33) caTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTACGGGt > 1:3170347/1‑97 (MQ=21) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTc > 1:454790/1‑97 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTc > 1:773295/1‑97 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTc > 1:2778632/1‑97 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTc > 2:3375427/1‑97 (MQ=34) aTGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTc > 2:3308214/1‑97 (MQ=34) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTTACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 2:2066040/1‑97 (MQ=21) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATTCTGCCCACGTATGGGTcc > 1:1560152/1‑97 (MQ=21) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc < 1:1121100/97‑1 (MQ=34) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc < 1:1969680/97‑1 (MQ=33) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc < 1:1969532/97‑1 (MQ=33) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 2:3527188/1‑97 (MQ=34) tgtgTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTcc > 2:3013220/1‑97 (MQ=34) gtgtTGTATGACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTGCTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:1400590/97‑1 (MQ=16) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:2265644/97‑1 (MQ=33) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:1601468/97‑1 (MQ=33) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa > 2:1195614/1‑97 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa > 1:28802/1‑97 (MQ=34) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:1408066/97‑1 (MQ=33) gtgtTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCa < 1:1408087/97‑1 (MQ=33) tgttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAg > 1:934523/1‑97 (MQ=34) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCCCGTATGGGTCCAGt < 2:3124203/97‑1 (MQ=18) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGt < 2:2330262/97‑1 (MQ=33) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGt < 2:269239/97‑1 (MQ=34) gttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGt < 2:3094966/97‑1 (MQ=33) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 1:2878943/97‑1 (MQ=33) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 2:1888378/97‑1 (MQ=33) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt > 2:1064364/1‑97 (MQ=34) ttgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtt < 1:585775/97‑1 (MQ=33) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtta > 1:1103881/1‑97 (MQ=34) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtta < 1:3172101/97‑1 (MQ=33) tgtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGtta > 2:3128672/1‑97 (MQ=34) gtATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttat < 2:1418478/97‑1 (MQ=33) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 1:3541180/1‑97 (MQ=34) ataACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGttatta > 1:2620345/1‑97 (MQ=34) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTATTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg > 1:1458/1‑97 (MQ=16) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg < 1:797942/97‑1 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg < 1:937712/97‑1 (MQ=33) taACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAg < 2:1329503/97‑1 (MQ=33) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGGCTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTa < 2:3527691/80‑1 (MQ=255) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGTCCACGTa > 1:3527691/1‑80 (MQ=12) aaCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGa < 2:1306830/97‑1 (MQ=32) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 1:411458/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt > 2:1487978/1‑97 (MQ=31) aCCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAt < 2:1461202/97‑1 (MQ=31) | CATTGTTATCCACATGTGTTGTATAACCTTTAACTTTTGTTAATTCCTCGACTGTGTATTTTACTTGTTGACCTTTTGCTTTTTCATCTAATCCTGCCCACGTATGGGTCCAGTTATTAGAT > BX571857/2778027‑2778148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |