| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BX571857 | 605,238 | T→C | 5.0% | S1034S (AGT→AGC) | SAS0521 → | bone sialoprotein‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 605,238 | 0 | T | C | 5.0% | 809.8 / 7.1 | 213 | S1034S (AGT→AGC) | SAS0521 | bone sialoprotein‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (109/91); new base C (4/8); total (114/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
AGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCA > BX571857/605142‑605334 | agtgACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgact < 1:48373/94‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgact < 2:3544346/97‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgact < 2:408132/97‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgact < 1:2840675/97‑1 (MQ=255) gACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgactcag > 1:2927739/1‑97 (MQ=255) gACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgactcag < 1:1733668/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |