| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | BX571857 | 605,265 | T→C | 5.8% | D1043D (GAT→GAC) | SAS0521 → | bone sialoprotein‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 605,265 | 0 | T | C | 5.8% | 665.6 / 4.5 | 183 | D1043D (GAT→GAC) | SAS0521 | bone sialoprotein‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/76); new base C (3/10); total (96/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGACTCAGAT > BX571857/605169‑605361 | tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGTCTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCgattcagatt < 2:643732/97‑1 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCgattcagatt > 1:2517008/1‑97 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCgattcagatt < 2:2389305/97‑1 (MQ=255) cAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCgattcagattc > 1:1955617/1‑97 (MQ=255) aGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCgattcagattca < 1:1552036/97‑1 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGTGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGACTCAGACTCAGACAGCGATtcagattcagat < 1:3110204/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |