| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,914,095 | G→A | 64.3% | V11I (GTA→ATA) | SAS1762 → | putative peptidyl‑prolyl cis‑isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,914,095 | 0 | G | A | 64.3% | 264.1 / 226.6 | 179 | V11I (GTA→ATA) | SAS1762 | putative peptidyl‑prolyl cis‑isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/27); new base A (66/49); total (103/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
ATTGATTGGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAACAGCTAGTGCTTTATTATTAGGCGCTTGTGGCGCTAGTGCCACAGACTCTAAAGAAAATACATTAATTTCTTCTAAAGCTGGAGACGTAA > BX571857/1913999‑1914188 | attgattgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCgg > 1:2829381/1‑97 (MQ=255)attgattgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCgg > 2:414923/1‑97 (MQ=255) ttgattgGAGATAATAAAAAACAATGTTATATACACGATGATTAACTAACAAAGGAGATTCAACAAAGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGt > 2:427251/1‑97 (MQ=255) tgattgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTa > 1:11064/1‑97 (MQ=255) gattgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTaa < 2:1033234/97‑1 (MQ=255) attgGTGATAATATAAAACTATGTTATATTCACGATGATTAACTTACAAAGGAGTTTCAACTATGAAGATGATAAACAAATTAATCGTTCCGGTAAc > 1:1985388/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |