| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,474,326 | G→A | 31.8% | L64L (CTA→TTA) | SAS2313 ← | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,474,326 | 0 | G | A | 31.8% | 342.2 / 269.3 | 224 | L64L (CTA→TTA) | SAS2313 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/63); new base A (42/29); total (132/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GTACATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTGAAAATC > BX571857/2474230‑2474422 | tACATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGt > 1:3493061/1‑97 (MQ=255) aCATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGta > 1:1990779/1‑97 (MQ=255) aCATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGta < 1:513298/97‑1 (MQ=255) aCATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGta < 1:3459724/97‑1 (MQ=255) cATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGtaa < 2:361845/97‑1 (MQ=255) atttatttTCAATAAATAAACAACTGCAAGAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGtaat < 2:1053177/97‑1 (MQ=255) 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taaaCAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGataata > 2:2545115/1‑97 (MQ=255) taaaCAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGataata < 1:1428601/97‑1 (MQ=255) taaaCAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGataata > 1:1028732/1‑97 (MQ=255) aaaCAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGAtaataa < 1:2377795/97‑1 (MQ=255) aacaacTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATaataat > 1:3477634/1‑97 (MQ=255) aacaacTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAATAATAATAGGCTAGATaataat > 2:3405871/1‑97 (MQ=255) aacaacTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAATAATAATAGGCTAGATaataat > 1:3044327/1‑97 (MQ=255) acaacTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATc < 1:1255386/97‑1 (MQ=255) acaacTGCAATAGCTATAACTCTAAATAGAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATc < 2:941931/97‑1 (MQ=255) aacTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCa > 2:1354812/1‑97 (MQ=255) acTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAATAATAATAGGCTAGATAATAATCCAc < 1:2621374/97‑1 (MQ=255) aGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAATAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAg < 1:467453/97‑1 (MQ=255) gCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGt > 1:1377430/1‑97 (MQ=255) gCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGt > 2:2014111/1‑97 (MQ=255) cTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAATAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTa < 2:2416129/97‑1 (MQ=255) taACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACtt < 2:451161/97‑1 (MQ=255) 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ccAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATa < 1:943302/97‑1 (MQ=255) aTACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTg < 1:2907733/97‑1 (MQ=255) tACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTGa < 2:2250860/97‑1 (MQ=255) tACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTATTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGACAATTGa > 2:315930/1‑97 (MQ=255) cTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTGaaa > 2:852862/1‑97 (MQ=255) cTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTGaaa > 2:114278/1‑97 (MQ=255) | GTACATTTATTTTCAATAAATAAACAACTGCAATAGCTATAACTCTAAATATAATAGAAATAATCACATTAATTGGATTAAATACGCCAAATACTAGTAATAATAGGCTAGATAATAATCCACCTAAAAAGTACTTTTTAATTCCAAAGAAAGCTAATATCAATAATGCTGCCGGTGCAGATAATTGAAAATC > BX571857/2474230‑2474422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |