| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,667,682 | G→C | 5.5% | intergenic (‑13/‑239) | SAS2489 ← / → SAS2490 | putative aminotransferase/putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,667,682 | 0 | G | C | 5.5% | 1187.8 / 49.0 | 288 | intergenic (‑13/‑239) | SAS2489/SAS2490 | putative aminotransferase/putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (123/146); new base C (10/6); total (134/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TAACGGATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTAATGTGCAAGCAAAGTGGCCTCTCTTAAATCGATTATAAAATCCGATTTAAAATACTGCTCAAATACCGTCATGCCTCTATGAATACT > BX571857/2667586‑2667778 | tAACGGATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTg > 2:3304530/1‑97 (MQ=255) ggATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAg > 2:97460/1‑97 (MQ=255) ggATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAg > 1:1267211/1‑97 (MQ=255) gATAATATTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGt > 1:144332/1‑97 (MQ=255) aataTTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTAtt < 1:2652982/97‑1 (MQ=255) tatTTAATACGTCCTGATTTCGCAAAATAATGTTCATCCTCTTGAATTAATTGATGTGCTTTACTCATATACATTCCCCTCCCATTGACAGTATTaa < 2:580649/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |