| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,892,242 | T→A | 17.9% | Y4F (TAT→TTT) | SAS1743 ← | putative lantibiotic modifying enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,892,242 | 0 | T | A | 17.9% | 393.4 / 79.1 | 118 | Y4F (TAT→TTT) | SAS1743 | putative lantibiotic modifying enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/42); new base A (14/7); total (68/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CATCAAATTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAATTTTTTTCATTGAGAATTTTTGTATTTTTCAGTGTCATCAATGTTAGATAGACCCCTA > BX571857/1892147‑1892338 | catcaAATTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGAtata > 1:109865/1‑97 (MQ=255) atcaAATTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCCCACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATAc > 2:2355981/1‑97 (MQ=255) caAATTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATAAACGc > 1:816199/1‑97 (MQ=255) caAATTTTGACTTTAATTCAATAATACAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGCGCCACACAACCAACTCAACACACTTTCTCCCATCATATAAGc > 2:1431788/1‑97 (MQ=255) aaaTTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGcc > 2:291141/1‑97 (MQ=255) aaaTTTTGATTTTAATTCAATAATATAGTGGCTAATATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGcc > 2:2134193/1‑97 (MQ=255) 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aaTATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCaa < 1:328/97‑1 (MQ=255) aaTATTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCaa > 2:405241/1‑97 (MQ=255) tatTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAAtt > 2:1725995/1‑97 (MQ=255) tatTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAAtt > 2:2379921/1‑97 (MQ=255) tatTGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATAAACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAAtt < 1:2224215/97‑1 (MQ=255) ttGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCACtttt > 2:1539079/1‑97 (MQ=255) ttGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAAtttt < 1:1860366/97‑1 (MQ=255) ttGATACTATTAACTGAGCCACACAAACAAATCAATACATTTTCTCCCATGATATACGCCTCCATTCAGCTAATTAAAAACGCATTGGTCCAAtttt > 1:133213/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |