| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,549,752 | C→T | 5.9% | T1241T (ACG→ACA) | SAS2383 ← | putative cell wall‑anchored protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,549,752 | 0 | C | T | 5.9% | 410.1 / 16.9 | 133 | T1241T (ACG→ACA) | SAS2383 | putative cell wall‑anchored protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (76/49); new base T (2/6); total (78/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
ATCTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCCGTTAATGGGTTCACTGTGATTGGTGTTGTGATTGTCTTACTTCCTGGTTGTCCTTCT > BX571857/2549659‑2549809 | ttCTTTTGGTTTCTCGCCACCGAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCTGtt < 2:2268860/96‑1 (MQ=9)aTCTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCCGtt > 1:1572571/1‑97 (MQ=255) tCTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCCGTTa > 1:1769189/1‑97 (MQ=255) cTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCTGTTaa < 2:1746280/97‑1 (MQ=255) cTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCTGTTaa < 2:1223405/97‑1 (MQ=255) cTTTTGGTTTCTCGCCACCAAACTCTACAATCTTATCTACTGGTTGTTTTGTAATCTCTTCTGTTGGTTGACCCTCGCCAACTTTTTCACCCGTTaa > 2:1194290/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |