| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,025,623 | C→A | 5.4% | intergenic (+392/‑184) | SAS0954 → / → SAS0955 | amidase/putative protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,025,623 | 0 | C | A | 5.4% | 573.6 / 5.2 | 165 | intergenic (+392/‑184) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/71); new base A (2/8); total (86/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TTGCTGGGTGGTTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCAGGGCAAAAAAAGGGCAGATTATTTAAATAAGAGCAAACACGAGTGGAAAATATTTAAAGTTAAAGTGATAAAAACTTTGATATTACAGCGTTTTTAAACG > BX571857/1025529‑1025719 | ttGCTGGGTGGTTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCAGGGCaa < 1:1399162/97‑1 (MQ=255) tGCTGGGTGGTTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCAGGGCaaa > 2:172823/1‑97 (MQ=255) gCTGGGTGGTTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTTAGGGCaaaa > 2:1710100/1‑97 (MQ=255) gCTGGGTGGTTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCAGGGCaaaa > 2:1609511/1‑97 (MQ=255) tGGGTGGTTGGTTTTTATGTTATATTATAAATGAGCAAACCACACCACCTATTTATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCGGGGCaaaaaa < 2:954602/97‑1 (MQ=255) ggtggtTGTTTTTTATGTTATATTATAAATGATCAAACCACACCACCTATTAATTTAGGAGTGTGGTTATTTTTGTTTTTTTTCAGGGCAAAAAAAg > 1:872827/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |