| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,434,357 | C→G | 13.6% | A141G (GCT→GGT) | SAS1338 → | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,434,357 | 0 | C | G | 13.6% | 457.3 / 24.8 | 126 | A141G (GCT→GGT) | SAS1338 | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/63); new base G (16/2); total (61/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCGGTTATAATCGAGGATGATGT > BX571857/1434261‑1434453 | aTGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGc > 1:2278989/1‑97 (MQ=255) tGGTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCt > 1:1477638/1‑97 (MQ=255) gTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTAc < 1:1794243/97‑1 (MQ=255) gTGCTGTCGTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTAc > 1:2234513/1‑97 (MQ=255) tGCTGGCGTTATGAGGGGCGGTACCATTAATTTTGGCGGAGGCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACa < 2:745000/97‑1 (MQ=255) ggCTGTCGTTATGATGGGCGGAGCCATTAATGATGGCGCGGTCGTTGGCGAAGGTACGATGATTGATATGAATGCGTCTCTCGGTGGTCGTGCTACa < 2:2023273/96‑1 (MQ=255) 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tgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaaa < 1:2254006/97‑1 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:2017400/1‑97 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:780139/1‑97 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:780149/1‑97 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:35990/1‑97 (MQ=255) gcgcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACa < 1:2294934/97‑1 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTCCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAg < 1:933682/97‑1 (MQ=255) acaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAg < 1:1105367/97‑1 (MQ=255) aaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAtgg > 1:2343990/1‑97 (MQ=255) tAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt < 1:572069/97‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg > 1:2019254/1‑97 (MQ=255) aaTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg < 1:33850/97‑1 (MQ=255) aaTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg > 1:1788290/1‑97 (MQ=255) aaTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTg > 1:1348461/1‑97 (MQ=255) ggCGCGGTAGTTGGCGAAGGGACAATGATTGATATGAAGGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAGAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAg < 2:2278276/97‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGTTGGTGAAGGTACTATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGt < 2:2101527/97‑1 (MQ=255) gcgcAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGt < 1:977553/97‑1 (MQ=255) cgcAGGCGTTGGTGGAGGTAGGATGATTGGTATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGAAGTa < 2:1170593/97‑1 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAtt < 1:1605607/97‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTGCTCGCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCa < 2:1996594/97‑1 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCa < 1:1487897/97‑1 (MQ=255) ttGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAgg < 2:1554798/97‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 1:835295/1‑97 (MQ=255) ggCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTGAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgtg > 2:1803574/1‑97 (MQ=255) ggCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATAAATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgtg > 2:631132/1‑97 (MQ=255) cGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGtgtg < 1:677208/97‑1 (MQ=255) gAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACAGGTAGGGGCTGGCGCAGTAGTAGCAGGTgaga > 2:1740490/1‑97 (MQ=255) aaGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGAt > 1:369819/1‑97 (MQ=255) ggTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTg < 1:171416/97‑1 (MQ=255) ggTACAATGATTGAGATGAAGGCTGCGCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTg < 2:401568/97‑1 (MQ=255) gTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGa > 1:2203785/1‑97 (MQ=255) tACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAAAACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTGGCCGGTGGGATTaaa > 2:1031448/1‑97 (MQ=255) aCAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAc > 1:1253453/1‑97 (MQ=255) cAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAcc > 1:412815/1‑97 (MQ=255) aaTGATTGATATGAATGCTTCTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc < 1:1193994/97‑1 (MQ=255) aaTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc < 1:2271523/97‑1 (MQ=255) aaTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc < 1:877264/97‑1 (MQ=255) aaTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc < 1:1728846/97‑1 (MQ=255) aaTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccc < 1:1194004/97‑1 (MQ=255) aTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAcccc > 2:2495041/1‑97 (MQ=255) aTGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATAAATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGAATGAAccac > 2:395043/1‑95 (MQ=255) tgattgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAAccccc < 1:801158/97‑1 (MQ=255) gattgatATGTATGCTACTCTGGGTGGTCGTGCTACAGCTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCt < 2:551431/97‑1 (MQ=255) gattgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCt > 1:257651/1‑97 (MQ=255) gattgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCt > 1:835440/1‑97 (MQ=255) gattgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCt > 2:1567724/1‑97 (MQ=255) attgatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTa > 1:1951478/1‑97 (MQ=255) gatATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTg > 2:2377307/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |