| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 378,366 | T→G | 6.3% | I288S (ATT→AGT) | SAS0330 → | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 378,366 | 0 | T | G | 6.3% | 1171.1 / 7.6 | 318 | I288S (ATT→AGT) | SAS0330 | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (128/162); new base G (23/2); total (152/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
GATGTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTAAATGAAGCATT > BX571857/378271‑378462 | gatgTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCtatt < 1:2799912/97‑1 (MQ=255) tgTTAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTTtattat > 2:1860302/1‑97 (MQ=255) ttAGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATgg < 1:240750/97‑1 (MQ=255) gaGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATggg < 1:2555975/96‑1 (MQ=255) aGTCATGTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGt < 1:3334330/97‑1 (MQ=255) gTCAGAAGACAAAGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTCTGGGTATTGCa > 2:2116490/1‑97 (MQ=255) 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aaGCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGgcgc > 1:293635/1‑97 (MQ=255) gCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTg < 1:2700830/97‑1 (MQ=255) gCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTg > 2:2309667/1‑97 (MQ=255) gCTAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTg > 1:666354/1‑97 (MQ=255) tAAAGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTa > 1:409274/1‑97 (MQ=255) aaaGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAg > 1:498212/1‑97 (MQ=255) aaGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGa > 2:780268/1‑97 (MQ=255) aaGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTGCTAGTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGa > 2:2370658/1‑97 (MQ=255) aGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaa < 1:2003448/97‑1 (MQ=255) aGAATTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaa < 1:924868/97‑1 (MQ=255) aaTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaaaa < 1:24824/97‑1 (MQ=255) aaTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaaaa > 2:1798603/1‑97 (MQ=255) aaTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaaaa > 1:1389839/1‑97 (MQ=255) aaTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGaaaa > 1:1298556/1‑97 (MQ=255) aTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAg < 1:1016067/97‑1 (MQ=255) aTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAg < 1:370012/97‑1 (MQ=255) aTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCCTGTAGTAGGGGTATCGCTACAGAAGGAACTGGAGAAAAg > 2:2867015/1‑97 (MQ=255) aTTAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCCGCTGTTATGGGTATTGCACCAGATGGCGCTGTAGAAAAg > 2:3298892/1‑97 (MQ=255) tAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGc > 1:2343196/1‑97 (MQ=255) tAAATATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGc > 1:1903959/1‑97 (MQ=255) aaTATCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCtt > 1:825440/1‑97 (MQ=255) atatCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCttt < 1:1116189/97‑1 (MQ=255) atatCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCttt < 1:871927/97‑1 (MQ=255) tatCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTg > 1:99247/1‑97 (MQ=255) atCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGa < 2:1498214/97‑1 (MQ=255) atCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCCTCTCTTCGGGGTATTGCACCAGATGGCGCTGTACAAAAGGCTTTGa > 2:453272/1‑97 (MQ=255) tCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGaa > 2:3206195/1‑97 (MQ=255) tCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGaa > 1:3158398/1‑97 (MQ=255) tCGAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGaa > 1:1827390/1‑97 (MQ=255) tCGAACCAGTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGaa < 2:1355609/97‑1 (MQ=255) gAACCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCTCTGTGGTAGGGGTATTGCTCAAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAAc > 2:1310672/1‑97 (MQ=255) aaCCATTGGCAGTGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACg < 1:257375/97‑1 (MQ=255) 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tGCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGa < 2:3087379/97‑1 (MQ=255) gCTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGaa > 1:1214303/1‑97 (MQ=255) cTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAAt < 1:1352396/97‑1 (MQ=255) cTTGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTGCTAGTAGGGGTATTGCTACAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAAt > 2:2789235/1‑97 (MQ=255) tGATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTa < 2:1952864/97‑1 (MQ=255) gATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGTGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTaa < 2:842878/97‑1 (MQ=255) gATGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTaa < 2:674890/97‑1 (MQ=255) tGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGc < 2:905119/97‑1 (MQ=255) tGGCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGc < 2:630987/97‑1 (MQ=255) gggCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGc < 1:261699/96‑1 (MQ=255) ggCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCg > 1:1764867/1‑97 (MQ=255) ggCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCg > 1:2442757/1‑97 (MQ=255) gCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCTCTGTGGTCGGCGTATCGCACAAGTAGGAGATGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGa > 2:2619092/1‑97 (MQ=255) gCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGa < 1:453700/97‑1 (MQ=255) gCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGa > 1:266430/1‑97 (MQ=255) gCTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGa > 1:2756410/1‑97 (MQ=255) cTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGat < 1:1489715/97‑1 (MQ=255) cTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGat < 1:598414/97‑1 (MQ=255) cTTTGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGat > 2:2516812/1‑97 (MQ=255) tttGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGata > 1:769782/1‑97 (MQ=255) tGGAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATAtt < 2:954430/97‑1 (MQ=255) tGGAAGTCATGGTGTAGATCCTGCTATTAGGGGTATTGCAACAGAAGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATAtt > 2:2811980/1‑97 (MQ=255) ggAAGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTg < 1:726285/97‑1 (MQ=255) aGTCATGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATg < 1:1535110/97‑1 (MQ=255) 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tGGTGTAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTAttt < 1:2061592/97‑1 (MQ=255) gtgtAGGTCCTTCTGTTATGGGTCTTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGGAGTAAAAAAGAATTAAGCGATAGTGATGTATTTGa < 2:1443809/97‑1 (MQ=255) gtgtAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGa > 1:303119/1‑97 (MQ=255) gtgtAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGa < 1:3114046/97‑1 (MQ=255) gtgtAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAATAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGa < 2:2658670/97‑1 (MQ=255) gtAGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAAt < 1:2888438/97‑1 (MQ=255) aGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTa < 1:2971649/97‑1 (MQ=255) aGATCCTTCTATTATGGGTATTGCACCAGTTGGCGCTGTAGAAAAGGCTTTGAAACGTAGTAAAAAAGAATTAAGCGATATTGATGTATTTGAATTa < 2:1107037/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |