| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 627,445 | A→T | 13.6% | intergenic (‑133/‑35) | SAS0546 ← / → SAS0547 | conserved hypothetical protein/putative phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 627,445 | 0 | A | T | 13.6% | 955.0 / 125.8 | 251 | intergenic (‑133/‑35) | SAS0546/SAS0547 | conserved hypothetical protein/putative phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/99); new base T (21/13); total (139/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TAAATTTTATCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGAATGATTAATAAGATTTATATTACAGGAGGACATTATGGCTGATTTATTAAATGTATTAAAAGACAAACTTTCTGGTAAAAACGTTAAAATCGTATT > BX571857/627349‑627541 | ttttATCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGTATGa < 1:1050599/97‑1 (MQ=255) ttttATCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGAATGa < 2:2219844/97‑1 (MQ=255) ttttATCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGAATGa > 2:3175762/1‑97 (MQ=255) ttttATCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGCGGCATCATGCAATAAAATGGCGTCTAATTATACCGTGAATgg > 2:1596233/1‑96 (MQ=255) tttATCATAAAGCAACGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGAATGAt > 2:36346/1‑97 (MQ=255) tCATAAAGCAAAGGGGTAACGATAAAATTATGATTACAAATTGGTGACGTGGCATTATGAAATAAAATGGCGTATAATTATACCGTGAATGATtaat < 2:311609/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |