| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,059,249 | A→T | 6.2% | S429T (TCG→ACG) | SAS0988 ← | bifunctional autolysin precursor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,059,249 | 0 | A | T | 6.2% | 791.0 / 37.0 | 202 | S429T (TCG→ACG) | SAS0988 | bifunctional autolysin precursor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/121); new base T (5/8); total (73/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GTCGTATACAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCATTTTTATTAAATATTTTTCATTAATTAAGTCATATAATTGATC > BX571857/1059154‑1059345 | cGTATACAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACgg < 1:2496164/97‑1 (MQ=255) tgataCAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGGCTCCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGgt < 2:733655/95‑1 (MQ=255) gTATACAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGgt > 1:999292/1‑97 (MQ=255) ataCAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGgtgt > 1:846739/1‑97 (MQ=255) taCAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTgta < 1:2252815/97‑1 (MQ=255) taCAGTAGTATATAAACCACTATTTGTTGGTTTGATTTGTGCGACACCATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTgta > 2:688301/1‑97 (MQ=255) 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ccATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCa > 1:3054079/1‑97 (MQ=255) cATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCAt < 2:3099243/97‑1 (MQ=255) cATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCAt < 2:2800411/97‑1 (MQ=255) cATTGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCAt < 2:3323914/97‑1 (MQ=255) tGTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATTGCGCCACTTTACCCAttgt < 2:3176904/97‑3 (MQ=255) gTTTGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCAttttt < 1:1694696/97‑1 (MQ=255) tGCAGCAACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCATTTttatt > 1:411943/1‑97 (MQ=255) caACTGTTAATTTACCAGTTGATGGTTTCGACGGTGTAGTAGGGGTAGTTGTAGATTGCGTACCCCATGGCGCCACTTTACCCATTTTTATTAAata < 2:3008447/97‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |