| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 14 (0.110) | 13/118 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 | aacacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttacca < 1:2501871‑M1/1‑1 (MQ=255) cacgagtggaaaatatttaaagttgaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt < 2:1848262‑M1/3‑1 (MQ=255) gaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTa > 1:1392624/1‑97 (MQ=255) acgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaatctttgatattacagcgtttttaaacgttcntgtacgtttgagaatggccgttttaccATTa > 1:1711777‑M1/94‑97 (MQ=255) acgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTa < 1:548789‑M1/4‑1 (MQ=255) acgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTa > 2:2909473‑M1/94‑97 (MQ=255) 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1:712351‑M1/83‑97 (MQ=255) atatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAAtgt > 1:423721‑M1/83‑97 (MQ=255) atatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgcttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTAAAtgt < 1:1659980‑M1/15‑1 (MQ=255) aaaaGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAAtgt > 2:1992968/1‑97 (MQ=255) atttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATgtgt > 1:331761‑M1/81‑97 (MQ=255) tttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTc < 1:529466‑M1/18‑1 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTTTTTTTTTTTTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATgtgtt > 2:1200840/1‑96 (MQ=255) aGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTc > 2:47094/1‑97 (MQ=255) 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2:1324935‑M1/71‑97 (MQ=255) aaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATa < 1:1016490‑M1/27‑1 (MQ=255) gTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAg > 2:2735374/1‑97 (MQ=255) gataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGAt < 2:1083421‑M1/32‑1 (MQ=255) tAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATaa > 2:1661678/1‑97 (MQ=255) aaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACg > 2:2547527‑M1/62‑97 (MQ=255) gAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGc > 1:1835252/1‑97 (MQ=255) gAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGc < 1:233313/97‑1 (MQ=255) 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GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAA > BX571857/980901‑981093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |