| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 203,056 | C→G | 25.0% | intergenic (‑6/‑120) | SAS0171 ← / → SAS0172 | putative membrane protein/putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 203,056 | 0 | C | G | 25.0% | 111.2 / 47.7 | 52 | intergenic (‑6/‑120) | SAS0171/SAS0172 | putative membrane protein/putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/34); new base G (2/11); total (7/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
TATCAAAGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATAAAAAATATATTTTATTAAAAATAAGTATAAAAAATGG > BX571857/202961‑203139 | tatCAAAGTCATAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAcc < 2:242446/97‑1 (MQ=255) atCAAAGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAcct < 1:1154171/97‑1 (MQ=255) tCAAAGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAcctc < 1:1377224/97‑1 (MQ=255) aaaGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAcctcct < 2:481028/97‑1 (MQ=255) aaGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTa < 1:1501489/97‑1 (MQ=255) gTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAGCTCCTAAt < 1:1549548/97‑1 (MQ=255) 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tGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAaataa < 1:408573/97‑1 (MQ=255) tGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAaataa < 2:522124/97‑1 (MQ=255) gCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAaataat < 1:2007162/97‑1 (MQ=255) gATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAAtata < 2:1558183/97‑1 (MQ=255) atatTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATaa > 2:2105723/1‑97 (MQ=255) tatTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATaaa < 2:2985266/97‑1 (MQ=255) tatTTGCAAAGTGAATAAGATAATTTATTTTTGATAATAACATATAGGCAACCTAATGTTATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATaaa < 2:2985287/97‑1 (MQ=255) tttGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGAGCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATaaaaa < 1:850571/97‑1 (MQ=255) 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aaTGACATATAGAGCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATAAAAAATATATTTTATTAAAAATAAGTATAAAAAATgg > 2:640545/1‑97 (MQ=255) aaTGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATAAAAAATATATTTTATTAAAAATAAGTATAAAAAATgg < 2:700369/97‑1 (MQ=255) | TATCAAAGTCAGAAACAGCTTAATGATTAACTTTGGTTGAATGCGGATATTTGCAAAGTGATTAAGCAAAGGTAGTTTTGATAATGACATATAGACCTCCTAATGATATAATTCTCCTATATTTTATCATAAAAATAATATAAAAAATATATTTTATTAAAAATAAGTATAAAAAATGG > BX571857/202961‑203139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |