| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,187,071 | G→T | 42.5% | G191C (GGT→TGT) | SAS1115 → | penicillin‑binding protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,187,071 | 0 | G | T | 42.5% | 192.6 / inf | 195 | G191C (GGT→TGT) | SAS1115 | penicillin‑binding protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/57); new base T (40/43); total (95/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CCTGGTATTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGATATTTGGGGAT > BX571857/1186975‑1187167 | ccTGGTATTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTg < 1:2551161/97‑1 (MQ=255) ggTATTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTg > 2:969867/1‑97 (MQ=255) gTATTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGa < 2:2575792/97‑1 (MQ=255) aTTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAAc > 2:2176679/1‑97 (MQ=255) aTTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAAc > 1:2553471/1‑97 (MQ=255) aTTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAAc > 1:1927463/1‑97 (MQ=255) tCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGATAAATCCGGATACTTGTGAACTTa < 2:2726852/97‑1 (MQ=255) cTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTaa < 1:2228888/97‑1 (MQ=255) cTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTaa > 2:819799/1‑97 (MQ=255) tttATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTaaa > 1:2131966/1‑97 (MQ=255) aTTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGt < 2:2704593/97‑1 (MQ=255) aTTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGt > 1:2683108/1‑97 (MQ=255) ttGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTg < 2:2485224/97‑1 (MQ=255) tGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGc < 1:131639/97‑1 (MQ=255) 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aaaCAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTgg < 1:895901/97‑1 (MQ=255) aaCAGAACGCTTGTATGCAAATGGCAATATTGCATCGCACGTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGa > 2:1962582/1‑97 (MQ=255) aCAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAg > 1:394842/1‑97 (MQ=255) aCAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAg > 2:1244162/1‑97 (MQ=255) cAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGt < 2:641709/97‑1 (MQ=255) cAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGt > 2:1016556/1‑97 (MQ=255) aGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGtt > 1:2334273/1‑97 (MQ=255) aGAACGCTGTTATCACATTGGCAGTTCTGCATCACACTTAATGGGTCGAGCTTAAAAAACATCGGCAACTGGGGCACTTGACGGTCCACATGGAgct > 2:2147740/1‑95 (MQ=255) gAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTg > 1:1693411/1‑97 (MQ=255) gAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTg < 1:537793/97‑1 (MQ=255) aCGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGaa > 1:2563868/1‑97 (MQ=255) aCGCTTTGATCAAAGTGGCAATTGTGCATCACGCTGAAGTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGaa < 2:770297/97‑1 (MQ=255) cGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCACCAGCCTTAATTGGTAGAGCCCAGAAAAATCAGGAAAAGTGTGAAATTAAAGGTGCACTTGGAGTTGaaa > 2:1874077/1‑97 (MQ=255) cTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAg > 2:160538/1‑97 (MQ=255) ttttATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGa < 2:1566796/97‑1 (MQ=255) ttttATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGa > 2:1752483/1‑97 (MQ=255) ttATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGAtt < 1:1265312/97‑1 (MQ=255) tATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGAttt > 1:199312/1‑97 (MQ=255) tATCCAAAGGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGAttt < 2:479963/97‑1 (MQ=255) tCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGAttttt < 2:2034804/97‑1 (MQ=255) cAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGa < 2:1406668/97‑1 (MQ=255) cAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGa < 1:2748243/97‑1 (MQ=255) aaaTGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGAt < 2:1148431/97‑1 (MQ=255) aaTGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATa > 1:2249406/1‑97 (MQ=255) aTGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAg > 1:993398/1‑97 (MQ=255) tGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGt > 1:1818984/1‑97 (MQ=255) tGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGt < 1:2910454/97‑1 (MQ=255) tGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGt > 2:594242/1‑97 (MQ=255) ggCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGtt < 1:1336130/97‑1 (MQ=255) ggCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGtt > 1:44847/1‑97 (MQ=255) gCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTa > 1:711335/1‑97 (MQ=255) aaTTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTAtt > 2:2890112/1‑97 (MQ=255) aaTTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTAtt > 1:619714/1‑97 (MQ=255) tttGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTaa < 1:2279087/97‑1 (MQ=255) tttGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTaa > 2:1894479/1‑97 (MQ=255) tttGCATAACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTaa < 2:94019/97‑1 (MQ=255) ttGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAg < 1:2777803/97‑1 (MQ=255) ttGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAg > 2:814305/1‑97 (MQ=255) tGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGCAAAATCCGGCTACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGt > 2:476268/1‑97 (MQ=255) cATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTgg < 1:844191/97‑1 (MQ=255) 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gAAAAATCCGGATATTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATAtt < 2:1128934/97‑1 (MQ=255) gAAAAATCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATAtt < 1:1781648/97‑1 (MQ=255) gAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATAtt < 1:3010831/97‑1 (MQ=255) aaaTCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCAt < 1:521969/97‑1 (MQ=255) aaaTCCGGATACTTGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCAt < 1:2224663/97‑1 (MQ=255) aaaTCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCAt < 1:251262/97‑1 (MQ=255) aaTCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATg < 1:1603973/97‑1 (MQ=255) ccGGATCCTGGTGATCTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGTTATATTCATGata < 2:2261657/97‑1 (MQ=255) ccGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGata < 1:2073112/97‑1 (MQ=255) cGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGATATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATGGAGATATAGTCATGatat > 1:1437271/1‑97 (MQ=255) gATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGatacgt > 2:524795/1‑94 (MQ=255) aCTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGATATTTggg > 2:1031582/1‑97 (MQ=255) cTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGATATTTgggg > 2:2939592/1‑97 (MQ=255) tGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGATATTTGGGGa < 1:1387341/97‑1 (MQ=255) | CCTGGTATTTCTTTATTGCCTGAAACAGAACGCTTTTATCCAAATGGCAATTTTGCATCACACTTAATTGGTAGAGCTCAGAAAAATCCGGATACTGGTGAACTTAAAGGTGCACTTGGAGTTGAAAAGATTTTTGATAGTTATTTAAGTGGATCTAAAGGATCATTGAGATATATTCATGATATTTGGGGAT > BX571857/1186975‑1187167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |