| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,267,927 | G→T | 28.9% | intergenic (+29/‑127) | SAS1184 → / → SAS1185 | DNA topoisomerase I/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,267,927 | 0 | G | T | 28.9% | 441.0 / 189.2 | 186 | intergenic (+29/‑127) | SAS1184/SAS1185 | DNA topoisomerase I/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/67); new base T (23/31); total (88/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
AAAAAAGGCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGGTTGTTAAATAGAATCATTAGTGAATCTTATTTTAAAGATAGTAATGGATTAATCTAAATAAGTGCGGATAATATAAACATAACAACATAATTAAAA > BX571857/1267833‑1268023 | aaaaaaGGCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGgtt < 1:2884819/97‑1 (MQ=255) aaaaGGCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGgttgt < 2:8104/97‑1 (MQ=255) aGGCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGGTTGTTaa > 2:1230666/1‑97 (MQ=255) ggCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGTTTGTTaaa < 2:2710012/97‑1 (MQ=255) ggCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGGTTGTTaaa > 1:1218741/1‑97 (MQ=255) ggCAAGACAACACAAGTAATATGTTCAAATTGCGATTATAAAGAGGCAGCGCAGAAATAATATTTTTATTTCCTAGATACATTTTAAGGTTGTTaaa > 1:1882489/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |