| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,508,098 | C→G | 100% | T157S (ACT→AGT) | SAS1385 → | putative membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,508,098 | 0 | C | G | 97.2% | 604.6 / 7.8 | 142 | T157S (ACT→AGT) | SAS1385 | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base G (75/63); total (78/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GTATACATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTACTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCATTGCA > BX571857/1508005‑1508189 | gTATACATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTa > 1:2932806/1‑97 (MQ=255) tataCATATTTCTTTAATTACTGAAAATACTATTATTAATTATCTAGTAGAGTTAACCGAATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGTTAGTTAt < 2:1178369/97‑1 (MQ=255) ataCATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTAtt < 1:2417450/97‑1 (MQ=255) ataCATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTAtt < 1:2087061/97‑1 (MQ=255) taCATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTAttt > 2:2285866/1‑97 (MQ=255) taCATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTAttt > 1:1616673/1‑97 (MQ=255) 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tttACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGc < 1:2343207/97‑1 (MQ=255) tttACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGc < 2:1526200/97‑1 (MQ=255) ttACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCa < 2:3005090/97‑1 (MQ=255) ttACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCa < 1:100741/97‑1 (MQ=255) tACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCAt < 2:1082645/97‑1 (MQ=255) tACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCAt > 1:660753/1‑97 (MQ=255) aCTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCAtt < 2:772720/97‑1 (MQ=255) aCTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCAtt < 2:772756/97‑1 (MQ=255) tGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTa < 2:1544582/97‑1 (MQ=255) gAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTaa > 1:2055201/1‑97 (MQ=255) aaTACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAAttt > 2:853592/1‑97 (MQ=255) aaTACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAAttt > 1:834157/1‑97 (MQ=255) aTACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTc > 1:2364575/1‑97 (MQ=255) tgcTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCt < 1:2122513/95‑1 (MQ=255) tACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCt > 1:912246/1‑97 (MQ=255) aCTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATTTTGGATGATATTCATCATTTTATCTGGTAGTTACTTACTCATTAAGACGCATATAATTTCTa > 2:631675/1‑97 (MQ=255) aCTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTa > 1:1188397/1‑97 (MQ=255) tattatTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAAc > 1:2832672/1‑97 (MQ=255) attattAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACa > 1:1311058/1‑97 (MQ=255) ttattaATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTCTCTGGGAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTCACaa > 2:254738/1‑97 (MQ=255) ttattaATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACaa < 1:2733207/97‑1 (MQ=255) tattaATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACaaa < 1:2975621/97‑1 (MQ=255) attaattaTTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACaaaa < 2:2370613/97‑1 (MQ=255) attaattaTTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACaaaa > 2:827019/1‑97 (MQ=255) 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gttAGTCGAGTTAACCGCATGTTGCATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGCCATTGACTCATTACGCAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCa > 2:1812585/2‑97 (MQ=255) gtagAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTGTAACAAAAGTAAGGCACTTc < 1:1259976/97‑1 (MQ=255) gtagAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTc < 1:240737/97‑1 (MQ=255) agagTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGGTTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGt > 1:561297/1‑97 (MQ=255) agagTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGt > 1:561341/1‑97 (MQ=255) gagTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGtt < 2:107256/97‑1 (MQ=255) gagTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGtt > 1:1896951/1‑97 (MQ=255) gTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTgg > 2:2041181/1‑97 (MQ=255) 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ttGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCACAAGTGGCAc > 2:229057/1‑97 (MQ=255) ggATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGc > 2:1836367/1‑97 (MQ=255) ggATGATATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGc > 1:1529296/1‑97 (MQ=255) ggATGATATTCATGATTTTATCTGGTACTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGc > 2:1340685/1‑97 (MQ=255) gatATTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATg > 1:2544011/1‑97 (MQ=255) atatTCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGa > 1:1760098/1‑97 (MQ=255) ttCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTg > 1:664655/1‑97 (MQ=255) tCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTgg < 2:1418388/97‑1 (MQ=255) tCATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTgg < 2:2900508/97‑1 (MQ=255) cATGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGa > 2:2144671/1‑97 (MQ=255) aTGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAg < 2:1617656/97‑1 (MQ=255) tGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGt < 2:2210823/97‑1 (MQ=255) tGATTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGt < 1:1859821/97‑1 (MQ=255) atattATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATATCTAACAAAAGTAAGGAACTTAGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTa > 2:2569017/4‑97 (MQ=255) aTTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTa > 2:474895/1‑97 (MQ=255) aTTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTa > 1:2742897/1‑97 (MQ=255) aTTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTa > 2:1861106/1‑97 (MQ=255) aTTTTATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTa > 2:1442734/1‑97 (MQ=255) ttttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGTGTTAt < 2:650859/97‑1 (MQ=255) ttttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTAt < 1:472706/97‑1 (MQ=255) tttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATc < 2:2990525/97‑1 (MQ=255) tttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATc > 1:645366/1‑97 (MQ=255) ttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCa > 2:158680/1‑97 (MQ=255) ttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCa > 2:2386138/1‑97 (MQ=255) ttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCa > 1:2809258/1‑97 (MQ=255) ttATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCa > 1:1319269/1‑97 (MQ=255) tATCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCAt > 2:1875717/1‑97 (MQ=255) aTCTGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCAtt < 1:1597129/97‑1 (MQ=255) tGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCATTGCa < 2:2034213/97‑1 (MQ=255) tGGTAGTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCATTGCa < 1:43587/97‑1 (MQ=255) | GTATACATAGTTCTTTGTTTACTGAAAATACTATTATTAATTATTTAGTAGAGTTAACCGCATGTTGGATGATATTCATGATTTTATCTGGTACTTATTTACTCATTAAGAAGCATTTAATTTCTAACAAAAGTAAGGCACTTCGTTGGCAAAAGTGGCACGCAATGATTGGAGTTATCATTGCA > BX571857/1508005‑1508189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |