| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,223,288 | C→T | 44.1% | pseudogene (1406/5385 nt) | fmtB ← | putative surface anchored protein (pseudogene) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,223,288 | 0 | C | T | 44.1% | 102.0 / inf | 209 | pseudogene (1406/5385 nt) | fmtB | putative surface anchored protein (pseudogene) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/49); new base T (44/48); total (112/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
ATCGATATTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTT > BX571857/2223194‑2223383 | aTCGATATTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCt > 1:410037/1‑97 (MQ=255) tCGATATTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACATCtt < 2:1182731/97‑1 (MQ=255) gATATTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGCTTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTgg > 2:1619278/1‑97 (MQ=255) gATATTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTgg > 1:1862917/1‑97 (MQ=255) atatTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGc < 1:2186420/97‑1 (MQ=255) tatTCGCAACATTAACTTTATATGATAATTTTAAAGATTTATCTGGGAATAAAACTTCTTTAGTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCt > 2:2133149/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |