| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,623,997 | G→A | 11.5% | intergenic (+327/‑22) | SAS2443 → / → SAS2444 | putative copper importing ATPase A/putative heavy‑metal‑associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,623,997 | 0 | G | A | 11.5% | 689.7 / 65.0 | 207 | intergenic (+327/‑22) | SAS2443/SAS2444 | putative copper importing ATPase A/putative heavy‑metal‑associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (111/71); new base A (12/12); total (123/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCAAAAGTGCTGTTGAATCTGCATTAAAT > BX571857/2623901‑2624093 | ccACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGc < 1:3019387/97‑1 (MQ=255) ccACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGc < 1:1206771/97‑1 (MQ=255) aCTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGctc > 2:20902/1‑97 (MQ=255) aaTTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGACTCTaa > 1:154052/1‑97 (MQ=255) tattatACATAATGAGTACACTGCGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATGAGGGCCACTAATTATTCTACGTAATAGGTGGCTCGAagag > 2:1791418/1‑97 (MQ=14) attatAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGTCCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAACagg > 1:1064436/1‑97 (MQ=255) 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aaGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCa < 1:1268022/97‑1 (MQ=255) aaGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCa > 2:1252525/1‑97 (MQ=255) aaGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCa > 1:1685886/1‑97 (MQ=255) agagCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCAc > 1:777650/1‑97 (MQ=255) gCCACTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGc > 2:2819567/1‑97 (MQ=255) cACTAATTATTATAAATAATAAGTGACTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCaa > 2:1611636/1‑97 (MQ=255) aCTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCaaa < 2:1924704/97‑1 (MQ=255) aCTAATTATTATAAATAATAAGTGGCTCTAAAAGGAGGTGAATGCTATGTCACAAGAAATTTTAAATGTTGAAGGTATGAGCTGTGGTCACTGCaaa > 1:637429/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |